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标题: gromacs跑蛋白加DNA的体系结构优化之后，DNA在pymol中显示不完整 [打印本页]

作者
Author: mawenzhuo 时间: 2020-4-7 11:03
标题: gromacs跑蛋白加DNA的体系结构优化之后，DNA在pymol中显示不完整
求助：
我的体系是同源建模出来，是蛋白质加DNA。
选用的amber14sb的力场跑动力学优化。
但是跑完100ns之后，把gro转成pdb文件，DNA的显示就不完整（断裂或者断裂重叠）。
我试过给DNA加限制，但结果还是一样。
请问这是由于什么原因导致的呢？有什么解决办法吗？

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2020-4-7 18:22
Chain 问题，打开gro 文件然后把每个分子赋予不同的chain id然后再保存为pdb文件

作者
Author: mawenzhuo 时间: 2020-4-22 19:38

wuzhiyi 发表于 2020-4-7 18:22
Chain 问题，打开gro 文件然后把每个分子赋予不同的chain id然后再保存为pdb文件

我自己后来发现了！非常感谢！！1

作者
Author: LHQ 时间: 2024-3-26 23:08
本帖最后由 LHQ 于 2024-3-26 23:37 编辑

wuzhiyi 发表于 2020-4-7 18:22
Chain 问题，打开gro 文件然后把每个分子赋予不同的chain id然后再保存为pdb文件

老师您好，我的体系是从蛋白质数据库下载的，是蛋白质加RNA。力场同样选用的amber14sb的力场跑动力学优化。我用Pymol查看newbox.gro、em.gro、nvt.gro文件时，也出现RNA链的显示不完整（断裂或者断裂重叠）。我用老师您的方法把gro文件转换成pdb文件，并加上对应的chain ID，再用Pymol显示就正常了，这可以说明我的结构本身是没有问题的吗？

作者
Author: 212511059 时间: 2024-10-29 19:16
老师您好我的DNA构建拓扑时一直提示Atom P in residue DA 1 was not found in rtp entry DA5 with 30 atoms
while sorting atoms.怎么搞都没办法解决也看到一些大佬说手动加磷酸根，和换用AMBER14SB_parmbsc1力场还有删掉PDB文件开头的磷原子那三个都试过了，都无法解决

，老师您的DNA文件是怎么构建的能直接用来跑动力学模拟。

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