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标题: 如何构建非有机分子（含硒原子）的prmtop文件 [打印本页]

作者
Author: 函数与激情 时间: 2020-4-9 11:20
标题: 如何构建非有机分子（含硒原子）的prmtop文件
我在文献中看到有人利用AMBERTOOLS里的PARAMFIT工具拟合了含硒，碲分子的AMBER力场，所以也想尝试拟合一个含硒分子的力场参数。但是在AMBER手册里关于PARAMFIT执行的命令行需要目标分子的PRMTOP文件，硒原子应该是GAFF力场里没有的，请教一下大家有方法或者思路如何得到该PRMTOP文件吗？（文献见附件）

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2020-4-9 18:15
似乎是先在frcmod里加上原子类型，然后tleap？（不太确定）

作者
Author: t675210552 时间: 2022-6-22 19:49
请问楼主最后解决了吗？最近碰到类似的问题，不知应该如何处理

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