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标题: 请问蛋白质载体和小分子物质可以用DPD，MD和DFT来结合运算吗各位 [打印本页]

作者
Author: 大王雷 时间: 2020-4-11 14:59
标题: 请问蛋白质载体和小分子物质可以用DPD，MD和DFT来结合运算吗各位
请问各位老师，我想用蛋白质分子为载体比如玉米醇溶蛋白，小分子物质为负载物如姜黄素，以DPD研究姜黄素释放行为，结合MD运算玉米醇溶蛋白-姜黄素后，取一帧用DFT研究两者之间的相互作用。可以实现吗？蛋白类是不是还是用分子对接比较合适呢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-11 22:37
完全没必要也不应当用DPD，直接上全原子MD就完了
取某些有代表性的结构做DFT计算没问题
和分子对接没直接关系，除非你不知道负载的位置是哪里

作者
Author: 大王雷 时间: 2020-4-12 09:42

sobereva 发表于 2020-4-11 22:37
完全没必要也不应当用DPD，直接上全原子MD就完了
取某些有代表性的结构做DFT计算没问题
和分子对接没直接 ...

谢谢老师的指导，但是全原子MD好像不能观察到负载物释放的一个动态行为

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-13 10:00

大王雷发表于 2020-4-12 09:42
谢谢老师的指导，但是全原子MD好像不能观察到负载物释放的一个动态行为

怎么可能不能观察
MD给你原子层面随时间变化的信息，比DPD描述精度高一个层级，只有MD能体现的而粗糙的DPD不能体现（诸如释放过程中蛋白质与小分子之间的原子间相互作用细节），而不可能有DPD能体现的MD却不能体现的信息
貌似你对DPD和全原子MD有极度的误解

作者
Author: 大王雷 时间: 2020-4-13 12:02

sobereva 发表于 2020-4-13 10:00
怎么可能不能观察
MD给你原子层面随时间变化的信息，比DPD描述精度高一个层级，只有MD能体现的而粗糙的D ...

好的，谢谢老师耐心指导

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