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标题: 求助：蛋白质pdb只有CA坐标,如何补充其他原子坐标 [打印本页]

作者
Author: dinghongming 时间: 2020-4-12 22:00
标题: 求助：蛋白质pdb只有CA坐标,如何补充其他原子坐标
RT. 我从RCSB中下载了一个蛋白质的pdb文件，发现里面一个氨基酸只提供了CA的坐标，其他重原子坐标都没有，不知应该怎么补？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-13 09:57
做个同源模建得到结构，模拟时把CA按照pdb里的坐标加上限制势（不要太强）可以试试

作者
Author: greatzdk 时间: 2020-4-13 11:30
本帖最后由 greatzdk 于 2020-4-20 13:03 编辑

deleted

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Author: dinghongming 时间: 2020-4-17 09:58

sobereva 发表于 2020-4-13 09:57
做个同源模建得到结构，模拟时把CA按照pdb里的坐标加上限制势（不要太强）可以试试

谢谢您的建议，我试试！

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Author: dinghongming 时间: 2020-4-17 09:59

greatzdk 发表于 2020-4-13 11:30
直接在pymol里面选中这个原子，做个mutation，变成原来的氨基酸，可以在pymol或者其他工具里面优化一下

谢谢您的回复，不过我的蛋白有大几百个残基，这样一个个突变比较耗时吧。

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