计算化学公社

标题: 求助，模拟一开始出现Segmentation fault (core dumped)报错 [打印本页]

作者
Author: rice 时间: 2020-4-13 16:00
标题: 求助，模拟一开始出现Segmentation fault (core dumped)报错
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我看sob老师跑aNCI分析时用的2016.1，我用的2018.4，换用不同力场，情况依然是刚开始运行即报错，请各位老师帮忙看下是什么原因，谢谢

作者
Author: rice 时间: 2020-4-13 16:09
不设置mdp文件中的冻结选项freezegrps、freezedim，同样报错，请各位大佬帮忙提提意见

作者
Author: liuyuje714 时间: 2020-4-13 16:11
你这是一上来就用的npt？能量极小化和预平衡都不做？

作者
Author: rice 时间: 2020-4-13 16:25

liuyuje714 发表于 2020-4-13 16:11
你这是一上来就用的npt？能量极小化和预平衡都不做？

感谢回复，我用的solvate命令直接插入的水分子，填入应该是已经平衡好的吧，所以就没有预平衡。我再去预平衡一下，看能不会解决问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-15 00:07
我我这里的2019版再试
GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法（支持GPU加速）
http://sobereva.com/458（http://bbs.keinsci.com/thread-11848-1-1.html）

如果还不行，用linux版

gmx solvate基于自带的已经NPT平衡好的gro产生的纯水盒子不需要再做能量极小化，但预平衡还是需要的（建议从0 K开始缓慢升温）

作者
Author: rice 时间: 2020-4-15 16:29

sobereva 发表于 2020-4-15 00:07
我我这里的2019版再试
GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法（支持GPU加速）
http://sobereva.com/458 ...

谢谢sob老师，我尝试先冻结了再能量极小化，后面就能继续跑了，后面分析轨迹文件得到的aNCI分析结果跟您给的例子基本一致。另外，我想请问下，如果分析水+多个苯酚、水+多个离子的模拟体系，这种情况aNCI分析还适用么？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-16 13:27

rice 发表于 2020-4-15 16:29
谢谢sob老师，我尝试先冻结了再能量极小化，后面就能继续跑了，后面分析轨迹文件得到的aNCI分析结果跟您 ...

可以

作者
Author: rice 时间: 2020-4-16 19:08

sobereva 发表于 2020-4-16 13:27
可以

好的，谢谢sob老师

作者
Author: rice 时间: 2020-4-18 21:32

sobereva 发表于 2020-4-16 13:27
可以

sob老师，还有个问题请教您：是不是做aNCI分析和空间函数分析时，必须固定一个分子不动？如果不把这个分子固定在盒子中心，是否也是可以的？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-19 00:35

rice 发表于 2020-4-18 21:32
sob老师，还有个问题请教您：是不是做aNCI分析和空间函数分析时，必须固定一个分子不动？如果不把这个分 ...

不是必须固定不动，但如果不固定，之后你需要对这个分子做fit消除平动转动，并且让其处于盒子中央

作者
Author: rice 时间: 2020-4-21 14:24

sobereva 发表于 2020-4-19 00:35
不是必须固定不动，但如果不固定，之后你需要对这个分子做fit消除平动转动，并且让其处于盒子中央

好的，谢谢sob老师

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