计算化学公社

标题: Warning 处理求助 [打印本页]

作者
Author: mettlyz 时间: 2020-4-13 17:49
标题: Warning 处理求助
gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t nvt.cpt -p L-1.top -o md1.tpr -n index.ndx -maxwarn 2md.mdp和L-1.top文件已添加，然后产生如下Warning:

WARNING 2 [file L-1.top, line 15]:
  There are atoms at both ends of an angle, connected by constraints and
  with masses that differ by more than a factor of 13. This means that
  there are likely dynamic modes that are only very weakly coupled. To
  ensure good equipartitioning, you need to either not use constraints on
  all bonds (but, if possible, only on bonds involving hydrogens) or use
  integrator = sd or decrease one or more tolerances:
  verlet-buffer-tolerance <= 0.0001, LINCS iterations >= 2, LINCS order >=
  4 or SHAKE tolerance <= 1e-05

几个疑问：

(1) line15没有内容，怎么会产生这个Warning呢？
(2) 如果需要理会这个warning,关于Gromacs提供的几个解决办法，大家有什么建议吗？
(3) 如果把md改成sd, tcoupl自动从V-rescale改成no,这个是不是影响更大?

版本是Gromacs 2018.1

提前谢过！

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2020-4-13 23:47
大概率是你originalL.itp里的问题先看质量有没有错
没必要的话不需要设置constraint

作者
Author: mettlyz 时间: 2020-4-14 09:51
提示的是L-1.top的第15行，应该同OriginalL.itp没有关系吧

这是OriginalL.itp里面的前15行
;
; GENERATED BY LigParGen Server
; Jorgensen Lab @ Yale University
;
;[ atomtypes ]
; opls_9500  C500 12.0110    0.000 A 3.55000E-01 2.92880E-01
;  opls_836  N836 14.0070    0.000 A 3.25000E-01 7.11280E-01
; opls_9509  C509 12.0110    0.000 A 3.55000E-01 2.92880E-01
; opls_9539  H539    1.0080    0.000 A 2.42000E-01 1.25520E-01
;  opls_866  C866 12.0110    0.000 A 3.55000E-01 2.92880E-01
;  opls_849  S849 32.0600    0.000 A 3.60000E-01 1.48532E+00
;  opls_828  H828    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
;  opls_881  H881    1.0080    0.000 A 2.42000E-01 1.25520E-01
;  opls_895  H895    1.0080    0.000 A 2.42000E-01 1.25520E-01

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)