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标题: pdb2gmx如何识别非蛋白、核酸的残基? [打印本页]

作者
Author: liuzejiang 时间: 2020-4-14 13:22
标题: pdb2gmx如何识别非蛋白、核酸的残基?
本帖最后由 liuzejiang 于 2020-4-15 14:35 编辑

在下希望得到超高分子量(20000以上)的聚合物拓扑文件，自写了聚合物的单体残基的.rtp文件，先后尝试放到charmm27、oplsaa力场中用pdb2gmx命令后提示无法将其识别为Protein/DNA/RNA,修改过残基类型文件residuetypes.dat、键参数文件ffbonded.itp仍不起作用。
求教各位大佬，像这种不属于蛋白核酸的有机高分子聚合物的单体残基怎么用pdb2gmx得到拓扑呢?

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我的PDB文件如下，结构式为(CH3-O-CH2-CH2)-(O-CH2-CH2)-(O-CH2-CH3)
REMARK This PDB file was created by CS Chem3D.
SEQRES 1    1  PEG
ATOM 1  C1 PEGmid       1    -0.623  -0.638  -0.020                   C
ATOM 2  C2 PEGmid       1    0.245  -1.887  -0.009                   C
ATOM 3  C1 PEGend       1    0.134  -4.224 0.020                   C
ATOM 4  C2 PEGend       1    -0.851  -5.389 0.041                   C
ATOM 5  C2 PEGhead    1    -0.511 1.699  -0.039                      C
ATOM 6  C1 PEGhead    1    0.474 2.859  -0.045                      C
ATOM 7  C0 PEGhead    1    0.600 5.195  -0.055                      C
ATOM 8  H23 PEGend       1    -0.315  -6.365 0.051                   H
ATOM 9  H21 PEGmid       1    0.893  -1.891 0.899                      H
ATOM 10  O1 PEGend       1    -0.591  -3.018 0.008                      O
ATOM 11  O1 PEGmid       1    0.213 0.493  -0.030                      O
ATOM 12  O1 PEGhead    1    -0.248 4.066  -0.051                      O
ATOM 13  H11 PEGmid    1    -1.268  -0.632  -0.929                      H
ATOM 14  H12 PEGmid    1    -1.266  -0.615 0.891                      H
ATOM 15  H21 PEGhead    1    -1.152 1.741  -0.949                   H
ATOM 16  H22 PEGmid    1    0.885  -1.912  -0.921                   H
ATOM 17  H11 PEGend    1    0.771  -4.284  -0.892                   H
ATOM 18  H12 PEGend    1    0.780  -4.261 0.927                   H
ATOM 19  H21 PEGend    1    -1.511  -5.372  -0.857                   H
ATOM 20  H22 PEGend    1    -1.502  -5.349 0.945                   H
ATOM 21  H22 PEGhead    1    -1.153 1.753 0.871                   H
ATOM 22  H11 PEGhead    1    1.117 2.817 0.865                   H
ATOM 23  H12 PEGhead    1    1.116 2.807  -0.955                   H
ATOM 24  H01 PEGhead    1    -0.039 6.106  -0.060                   H
ATOM 25  H02 PEGhead    1    1.232 5.206 0.861                   H
ATOM 26  H03 PEGhead    1    1.235 5.198  -0.969                   H
TER
CONECT 1 2 11 13 14
CONECT 2 1 10 9 16
CONECT 3 4 10 17 18
CONECT 4 3 8 19 20
CONECT 5 6 11 15 21
CONECT 6 5 12 22 23
CONECT 7 12 24 25 26
CONECT 8 4
CONECT 9 2
CONECT 10 2 3
CONECT 11 1 5
CONECT 12 6 7
CONECT 13 1
CONECT 14 1
CONECT 15 5
CONECT 16 2
CONECT 17 3
CONECT 18 3
CONECT 19 4
CONECT 20 4
CONECT 21 5
CONECT 22 6
CONECT 23 6
CONECT 24 7
CONECT 25 7
CONECT 26 7
END
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
自定义的非标准残基文件PEG.rtp如下：
[ bondedtypes ]
; bonds  angles  dihedrals  impropers all_dihedrals nrexcl HH14 RemoveDih
   1    5       9       2       1          3    1    0

[ PEGhead ]
[ atoms ]
  C0    CTL3 -0.100    1
  H01 HA3 0.090    1
  H02 HA3 0.090    1
  H03 HA3 0.090    1
  O1    OS    -0.339    1
  C1    CTL2 -0.011    1
  H11 HA2 0.090    1
  H12 HA2 0.090    1
  C2    CTL2 -0.011    1
  H21 HA2 0.090    1
  H22 HA2 0.090    1
[ bonds ]
C0 O1
C0 H01
C0 H02
C0 H03
O1 C1
C1 H11
C1 H12
C1 C2
C2 H21
C2 H22
C2 +O1

[ PEGmid ]
[ atoms ]
  O1    OS -0.338    1
  C1    CTL2  -0.011    1
  H11 HA2 0.090    1
  H12 HA2 0.090    1
  C2    CTL2  -0.011    1
  H21 HA2 0.090    1
  H22 HA2 0.090    1
[ bonds ]
-C2 O1
O1 C1
C1 H11
C1 H12
C1 C2
C2 H21
C2 H22
C2 +O1

[ PEGend ]
[ atoms ]
  O1    OS -0.338    1
  C1    CTL2  -0.014    1
  H11 HA2 0.090    1
  H12 HA2 0.090    1
  C2    CTL2  0.162    1
  H21 HA3 0.090    1
  H22 HA3 0.090    1
  H23 HA3 0.090    1
[ bonds ]
-C2 O1
O1 C1
C1 H11
C1 H12
C1 C2
C2 H21
C2 H22
C2 H23

---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
加氢文件PE.hdb如下：
PEGhead       3
3       4       H0       C0       O1       C1
2       6       H1       C1       O1       C2
2       6       H2       C2       C1       +O1
PEGmid       2
2       6       H1       C1       O1       C2
2       6       H2       C2       C1       +O1
PEGhead       2
2       6       H1       C1       O1       C2
3       4       H2       C2       C1       O1


------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
终端输入：gmx pdb2gmx -f PEG3.pdb -o PEG3.gro -ignh -water tip3p -ter -ff charmm27

报错：
Warning: No residues in chain starting at PEGm0 identified as Protein/RNA/DNA.
This makes it impossible to link them into a molecule, which could either be
correct or a catastrophic error. Please check your structure, and add all
necessary residue names to residuetypes.dat if this was not correct.
Problem with chain definition, or missing terminal residues.
This chain does not appear to contain a recognized chain molecule.
If this is incorrect, you can edit residuetypes.dat to modify the behavior.

Fatal error:
Residue 'PEGm' not found in residue topology database

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2020-4-14 17:28
把文件、错误贴出来搞这个没有问题应该是你的设置问题

作者
Author: liuzejiang 时间: 2020-4-14 19:53

wuzhiyi 发表于 2020-4-14 17:28
把文件、错误贴出来搞这个没有问题应该是你的设置问题

谢谢，我已按阁下的要求附上文件和报错信息。

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2020-4-14 21:19
residuetypes.dat 没有贴

作者
Author: liuzejiang 时间: 2020-4-15 17:31

wuzhiyi 发表于 2020-4-14 21:19
residuetypes.dat 没有贴

谢谢，我已经解决了。
由于pdb格式对列间距、空行、对齐有严格的限制，而我的pdb格式不严谨，导致残基名称只被机器读取了一半。

作者
Author: sio 时间: 2022-4-23 11:29

liuzejiang 发表于 2020-4-15 17:31
谢谢，我已经解决了。
由于pdb格式对列间距、空行、对齐有严格的限制，而我的pdb格式不严谨，导致残基名 ...

请问具体是什么样的？有网站说明吗？

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-4-23 19:14

sio 发表于 2022-4-23 11:29
请问具体是什么样的？有网站说明吗？

https://www.cgl.ucsf.edu/chimera ... rials/pdbintro.html

作者
Author: sio 时间: 2022-4-25 11:59

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-23 19:14
https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/tutorials/pdbintro.html

感谢，后来我再手册里找到了。

作者
Author: 18231865105 时间: 2022-4-25 18:15

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-23 19:14
https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/tutorials/pdbintro.html

感谢

作者
Author: LR241308 时间: 2023-2-25 13:38
想请教一下几个问题：1.自定义的非标准残基文件rtp和加氢的hdb文件是怎么得到的呢？2.需要把这两个文件放在什么位置呢？我用的是opsl力场，初次接触，能麻烦你帮我解答一下吗？非常感谢

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