标题: npt报错Listed nonbonded interaction between particles------ [打印本页] 作者Author: 王寓于 时间: 2020-4-14 18:14 标题: npt报错Listed nonbonded interaction between particles------ 我的两个分子是借用之前在gaussian里优化过的的log保存为pdb得到的，用gmxtop自动指认原子类型再手动修改电荷得到的拓扑文件，然后用packmol建的盒子，能量最小化 nvt npt的mdp是从网上找到然后修改的，做的时候只在能量最小化时忽略了一个拓扑文件和gro文件原子名称不同的警告，没有遇到其他报错。但在做npt时mdrun有如下报错：WARNING: Listed nonbonded interaction between particles 13881 and 13885 at distance 3.231 which is larger than the table limit 2.000 nm. 查阅了相关帖子和一些资料就说可能是拓扑文件不合理，我想请问怎么检查拓扑文件？从哪方面入手？本人新手分子动力学模拟新手，生成的拓扑文件形式看起来都差不多不清楚该怎么检查内容是否合理。