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标题: 在集群上普通用户使用gnu编译器编译AmberTools19方法 [打印本页]

作者
Author: qmlearner 时间: 2020-4-14 18:35
标题: 在集群上普通用户使用gnu编译器编译AmberTools19方法
本帖最后由 qmlearner 于 2021-2-4 13:55 编辑

编译环境：Red Hat 4.8.5-11, x86_64

本帖中假设普通用户的家目录为~/qmlearner (根据abin大神建议，加个小提示：在个人实际安装过程中，此处和后面的"~"都需替换为自己的$HOME路径)

1. 编译openmpi（参考了社长安装orca的帖子http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html）：

去http://www.open-mpi.org下载openmpi-3.1.4.tar.bz2(笔者没有测试其他版本),解压到~/qmlearner，进入解压目录，运行./configure --prefix=~/qmlearner/install/openmpi314 --disable-builtin-atomics；make all install。安装完成之后openmpi的所有文件被装到~/qmlearner/install/openmpi314中。

我的操作系统是bshell,vim编辑.bashrc文件,将下面两行加进去：

export PATH=~/qmlearner/install/openmpi314/bin:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH=~/qmlearner/install/openmpi314/lib:$ LD_LIBRARY_PATH

这样设置是为了将安装的openmpi3.1.4优先级盖过集群管理员已经安装的版本。（如何设置优先级可参考社长安装orca帖子的最后部分）

source ~/.bashrc，以上设置生效，输入mpiexec –V，显示出openmpi的版本，说明安装成功。

2. （参考社长安装Amber14的帖子http://bbs.keinsci.co/thread-311-1-1.html）

去官网下载AmberTools19.tat.bz2

tar xvjf AmberTools19.tat.bz2 解压得到~/qmlearner/amber18

在.bashrc里添加以下两行：

export AMBERHOME=~/qmlearner/amber18

test –f ~/qmlearner/amber18/amber.sh && source ~/qmlearner/amber18/amber.sh

source ~/.bashrc，使环境变量生效

##############

串行版本编译：

##############

cd ~/qmlearner/amber18

如果直接执行./configure gnu大概率会出现问题，首先第一个问题就是miniconda安装不了，这个比较好理解，因为大部分集群都是不连外网的（安全问题），所以下载不了miniconda。解决这个问题可以自己去下载miniconda，然后安装，也可以直接用集群上的python，因为我们的集群有anaconda3，所以我用的anaconda3/bin/python3。

我还出现了另一个问题，如下：

Could not find the X11 libraries; you may need to edit config.h

to set the XHOME and XLIBS variables.

Error: The X11 libraries are not in the usual location !

To search for them try the command: locate libXt

On new Fedora OS's install the libXt-devel libXext-devel

libX11-devel libICE-devel libSM-devel packages.

On old Fedora OS's install the xorg-x11-devel package.

On RedHat OS's install the XFree86-devel package.

On Ubuntu OS's install the xorg-dev and xserver-xorg packages.

如果是root用户，比如ubuntu root用户，可以直接按手册P23 step3安装一下所需的库。没root权限的普通用户可以按提示安装，比如我尝试了安装XFree86-devel，不幸的是它又需要更多的依赖库，它的依赖库也需要其他的依赖库。最后我放弃了安装XFree86-devel，这就意味着不能安装使用X11的模块，比如xleap，不知道这个对计算有没有影响，有了解的可以交流一下（如果对计算没有影响，可以在自己PC上安装一个可以使用X11的版本，以满足需要）。所以最终的配置命令如下：

./configure –noX11 --with-python ~/anaconda3/bin/python3 gnu

等待配置完成，因为不能连网的原因，一些补丁也不能安装。

运行make install进行编译。

运行make test进行测试。如果出现以下错误信息：

./test_at_serial.sh

Error: Could not import Amber Python modules!

Probably your Amber Python environment was not set up correctly.

………

并且执行amber.python -c "from parmed.scripts import clapp; print(clapp)"出现以下类似信息：

Traceback (most recent call last):

File "<string>", line 1, in <module>

File "~/amber18/lib/python2.7/site-packages/ParmEd-3.2.0-py2.7-linux-x86_64.egg/parmed/__init__.py", line 22, in <module>

from parmed import unit, utils

File "~/amber18/lib/python2.7/site-packages/ParmEd-3.2.0-py2.7-linux-x86_64.egg/parmed/unit/__init__.py", line 27, in <module>

from parmed.unit.unit import Unit, is_unit

File "~/amber18/lib/python2.7/site-packages/ParmEd-3.2.0-py2.7-linux-x86_64.egg/parmed/unit/unit.py", line 35, in <module>

from parmed.utils.six import iterkeys

File "~/amber18/lib/python2.7/site-packages/ParmEd-3.2.0-py2.7-linux-x86_64.egg/parmed/utils/__init__.py", line 3, in <module>

from parmed.utils.pairlist import find_atom_pairs

File "~/amber18/lib/python2.7/site-packages/ParmEd-3.2.0-py2.7-linux-x86_64.egg/parmed/utils/pairlist.py", line 5, in <module>

import numpy as np

ImportError: No module named numpy

安装一下numpy，再make test

##############

并行版本编译：

##############

./configure –mpi –noX11 --with-python ~/anaconda3/bin/python3 gnu

make install

在bin目录下生成cpptraj.MPI、mdgx.MPI、MMPBSA.py.MPI、sander.LES.MPI、sander.MPI。社长安装Amber14的帖子里还有pmemd.amoeda.MPI、pmemd.MPI，我这里没有，不知道会不会有问题。

用4核进行测试

export DO_PARALLEL=“mpirun –np 4”

make test 顺利通过

#######################

编译NAB和Cpptraj的openMP并行版：

#######################

./configure –openmp –noX11 --with-python ~/anaconda3/bin/python3 gnu

make openmp

作者
Author: HZW 时间: 2021-2-3 22:36
您好，我想问下您编译出来的bin目录下有. py那些文件吗？

作者
Author: abin 时间: 2021-2-4 09:28
建议把所有描述中的～更换为 $HOME

虽然是一个意思，
不过对于需要看着教程来操作的朋友，
$HOME写起来虽然麻烦，但是不至于写错。

考虑到绝大多数朋友，默认是中文输入法，～可能被写错，
但是无法安装。

作者
Author: abin 时间: 2021-2-4 09:31
另外，对于在部分平台，因为网络原因，或者权限原因，
无法执行AmberTools自带的update,
可以如下解决。

在虚拟机，或者租用阿里腾讯等学生主机(一个月大约5元)，
先运行安装的第一步，会自动update 也会自动安装miniconda等所有组件。
然后你懂得，把所有的包，打包拿回来，再放到服务器去安装就好了。

作者
Author: qmlearner 时间: 2021-2-4 13:52

abin 发表于 2021-2-4 09:28
建议把所有描述中的～更换为 $HOME

虽然是一个意思，

多谢大神，根据您的建议，在帖子开头加了个小提示：））

作者
Author: qmlearner 时间: 2021-2-4 13:54

abin 发表于 2021-2-4 09:31
另外，对于在部分平台，因为网络原因，或者权限原因，
无法执行AmberTools自带的update,
可以如下解决。 ...

您说的这个方法还没去实践过，以后找机会整一下：）

作者
Author: qxx 时间: 2021-4-11 17:29
本帖最后由 qxx 于 2021-4-12 10:09 编辑

您好，我结合卢老师和您的教程在一台24核的服务器里编译安装了并行版本ambertools18，但是在进行测试时候出错了，我在bashrc里添加了test -f /group/amber18/amber.sh && source /group/amber18/amber.sh这句，但make test还是出错，实在搞不懂为啥？请求指教，非常感谢！（同时我在另一台服务器里编译了串行版本，Linux，Python版本都一致，make test也成功的）

作者
Author: 嘤嘤嘤 时间: 2022-8-15 21:35
请问并行编译的时候出现了这个问题该怎么解决啊？

作者
Author: abin 时间: 2022-8-15 22:46
http://t.csdn.cn/MRd64

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