计算化学公社

标题: 想计算表面活性剂周围一定距离内水分子的MSD，在命令行中应该添加什么呢？ [打印本页]

作者
Author: SpongeBob 时间: 2020-4-15 10:55
标题: 想计算表面活性剂周围一定距离内水分子的MSD，在命令行中应该添加什么呢？
想计算表面活性剂周围一定距离内水分子的MSD，在命令行中应该添加什么呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-16 12:49
gmx msd接上索引文件，索引里定义一个组只包含表面活性剂附近的水分子里的原子。不过随着模拟进行，水会不断运动，过一会儿就离开表面活性剂了，所以这种做法只能考察短的时间内的MSD

作者
Author: SpongeBob 时间: 2020-4-17 15:37

sobereva 发表于 2020-4-16 12:49
gmx msd接上索引文件，索引里定义一个组只包含表面活性剂附近的水分子里的原子。不过随着模拟进行，水会不 ...

谢谢老师，我是想通过选区语法来实现这个条件，但是具体实施过程中遇到了困难。不知道我的想法可行不可行。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-19 00:40

SpongeBob 发表于 2020-4-17 15:37
谢谢老师，我是想通过选区语法来实现这个条件，但是具体实施过程中遇到了困难。不知道我的想法可行不可行 ...

目前的gmx msd不支持选区语法

作者
Author: SpongeBob 时间: 2020-4-19 17:45

sobereva 发表于 2020-4-19 00:40
目前的gmx msd不支持选区语法

好的，谢谢老师

作者
Author: tjuptz 时间: 2020-4-24 06:56
vmd可以动态选区，不过我不懂这样如何算msd

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)