计算化学公社

标题: 有关MOF的第一性原理分子动力学模拟的求助 [打印本页]

作者
Author: hexanon 时间: 2020-4-16 01:03
标题: 有关MOF的第一性原理分子动力学模拟的求助
各位大神好，本人在实验过程中遇到一些小问题，但本人是小白一个，所以想请教一下各位大神！
本人最近做了一个MOF结构，发现该结构在水的存在下常温会发生一个由三方（trigonal）转变为单斜（monoclinic）的转变，转变前后的单晶结构数据均已经获得，想通过分子动力学模拟验证这个转变过程。现在有几个问题想请教一下各位：
1. 转变前的mof晶体晶胞较大（体积20000，原子大概400个），转变后的mof晶胞较小（体积2700，原子大概180+），咨询过师兄，说是用CP2K进行分子动力学模拟，但本人没有计算化学方面的经验，不知道这条路是否可行？
2. 如果要进行第一性原理的分子动力学模拟相转变的话，大概的流程会是什么样子的呢？或者说这样子的模拟计算之后返回的是什么样的结果呢，是模拟出来的转变过程吗？本人找过相关的文献，但是没找到十分合适的
我的基础实在不行，还希望各位大神不要介意
在这里先谢谢各位了！

作者
Author: 大公子扶苏 时间: 2022-4-28 22:57
你好，我想做的和你的有点相似，请问你的问题解决了吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-11 07:36
1 机子好的话，400个原子用CP2K可以跑DFT的MD，尤其是半经验级别的GFN1-xTB能适合描述体系的情况就更容易了
2 产生的动力学轨迹可以展现结构变化过程

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)