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标题: 目前都有哪些适合大体系的增强采样方法？ [打印本页]

作者
Author: ChaosChiao 时间: 2020-4-17 16:12
标题: 目前都有哪些适合大体系的增强采样方法？
看了很多方法，但是绝大部分都是基于方法学本身的讨论。我觉得一个方法好不好，关键是看实际解决的科学问题如何，否则理论再怎么天花乱坠，落不到地上也只是一篇文章而已。

我目前关注的蛋白质体系，涉及到蛋白质三级结构乃至四级结构的变化，氨基酸在200-2000不等，在如此尺度下，有哪些方法可能比较快的模拟出蛋白质的变构情况？

就目前看到的，能用到大于200个氨基酸的蛋白上的，
拉伸分子动力学SMD，我个人不喜欢，人工痕迹太严重，结论可信性成疑。
加速分子动力学AMD，之前常用，比MD波动大一点，但不够大。
高斯加速分子动力学GaMD，目前比较常用，但仍有不足。
退火，这个就是不停的低温-高温-低温-高温，效果一般。

一些看着挺牛B，但没见过大体系应用的
REMD，老方法了，但很少见用于大体系，请实际用过的同学说说。
meta-MD，比较新，近期看到的该方法应用仍集中于多肽。
还有没有其他方法？

请各位大神点评一下

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-4-17 16:59
你说的所有方法都可以用于（并且已经成功用于）大体系，你只有实际理解了这些方法的原理，才能知道这些方法可以用于解决什么样的科学问题

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2020-4-18 06:33
如果真有这么好的方法就没有人搞这种研究了到时候就会有个服务器你上传pdb 他给你别的构想以及他们的自由能
俗话说如果解决一个问题有很多方法那么一定哪个方法都不好

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