计算化学公社

标题: VASP计算使用对称性问题求助。 [打印本页]

作者
Author: lc00 时间: 2015-9-6 22:18
标题: VASP计算使用对称性问题求助。
在medea-vasp手册上面看见这一段话，不太明白，希望高手指点一下。 (, 下载次数 Times of downloads: 89)
(, 下载次数 Times of downloads: 64)
对任何给定的晶体对称性，VASP执行这个计算在primitive cell上。为什么在原胞上面算呢？
难道有些cell shape 不存在原胞吗？
为什么建模，和VASP实际执行计算的模型不一样呢。

问题比较多，希望大神帮助一下。。

作者
Author: wernea 时间: 2015-9-6 22:33
请问用vasp计算时要不要考虑对称性，还是把对称性降为P1，如果要降为P1，用PAW方法的话ISMY怎么设呢？
还有就是我是用ms建模的，通过VESTA将.cif转换为.P1或.VASP格式，再重命名为POSCAR，请问这两种转换等效吗，都是把对称性降为P1还是.VASP没有减低对称性呢？

作者
Author: wernea 时间: 2015-9-6 22:43

wernea 发表于 2015-9-6 22:33
请问用vasp计算时要不要考虑对称性，还是把对称性降为P1，如果要降为P1，用PAW方法的话ISMY怎么设呢？
还 ...

两种转化方法应该都是将对称性减低为P1了，也就是我的POSCAR里面结构的对称性已经是P1了，那我后面isym还需要设置吗？vasp中应该怎么考虑这个对称性的问题？

作者
Author: 万里云 时间: 2015-9-6 22:50
对任何给定的晶体对称性，VASP执行这个计算在primitive cell上。为什么在原胞上面算呢？
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首先原胞小，原子少，计算量和资源占用就低。其次原胞只有平移对称性，这样就可以通过指定基矢坐标和原子坐标来确定整个晶体结构。如果用晶胞，还要额外给出对称性。

难道有些cell shape 不存在原胞吗？
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原胞一定存在，倒是晶胞可能不存在。

为什么建模，和VASP实际执行计算的模型不一样呢。
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从MS自带的模型库导入的晶体结构都是晶胞而非原胞。

作者
Author: 万里云 时间: 2015-9-6 22:53

wernea 发表于 2015-9-6 22:33
请问用vasp计算时要不要考虑对称性，还是把对称性降为P1，如果要降为P1，用PAW方法的话ISMY怎么设呢？
还 ...

VASP计算所用的对称性是“是否根据对称性化简K网格”，MS里面的对称性是“是否根据对称性简化晶体描述过程”。

VASP的POSCAR使用原胞，因此MS中的对称性不能用，不然就会少原子。为了提高计算速度，VASP自身的对称性是必须用的。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-9-7 03:08
MS中DMol3和CASTEP不太一样@万里云

对于单胞，有对称性的情况vasp和DMol3是差不多的，如果晶格结构本身能够被程序识别出有对称性（提示指出：如果你怀疑结构是否有对称性可以尝试转换到原胞看看），那么被计算的部分都是原胞，并且计算结果会按照比例换算为单胞同样的原子数情形来考虑，同时，计算过程的k网格也会根据这个对称性进行约化，而且离子弛豫的force也会根据对称性约化。@lc00 ，实际上就和为什么我们想得到整个晶格的性质，然而只计算了单胞或者原胞一样，根据对称性，可以减少一些重复部分的计算以及自由度，以此减小计算量。

对于CASTEP，似乎应该是反过来的，程序本身能够对k进行约化，但不能根据对称性约化原子数，需要转化为原胞才能对原子的排列进行对称性的约束。

MS下的P1在vasp中认不出来，只要结构本身有对称性并且ISYM=1，那么对称性就会被考虑，与是否PAW无关。一般对于完美的晶格，对称性还是应该考虑，除了能够加快计算，也可以增加一些约束使结果合理。@wernea

作者
Author: wernea 时间: 2015-9-7 08:30

万里云发表于 2015-9-6 22:50
对任何给定的晶体对称性，VASP执行这个计算在primitive cell上。为什么在原胞上面算呢？
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那是否我用ms建模后导成的POSCAR是原胞，而不是ms建的实际模型

作者
Author: wernea 时间: 2015-9-7 08:42

卡开发发发表于 2015-9-7 03:08
MS中DMol3和CASTEP不太一样@万里云

对于单胞，有对称性的情况vasp和DMol3是差不多的，如果晶格结构本身 ...

@卡开发发提示指出：如果你怀疑结构是否有对称性可以尝试转换到原胞看看
是不是转成原胞，看原胞有没有对称性？

作者
Author: wernea 时间: 2015-9-7 08:44
(, 下载次数 Times of downloads: 72)
@卡开发发看manual里面的意思好像默认值跟方法有关，isym这么参数是否一般使用默认值就可以了？

作者
Author: 万里云 时间: 2015-9-7 09:06
本帖最后由万里云于 2015-9-7 09:08 编辑

wernea 发表于 2015-9-7 08:30
那是否我用ms建模后导成的POSCAR是原胞，而不是ms建的实际模型

MS建立实际模型，转换成原胞，Make p1，导出为cif，转换为POSCAR。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-9-7 09:13

wernea 发表于 2015-9-7 08:44
@卡开发发看manual里面的意思好像默认值跟方法有关，isym这么参数是否一般使用默认值就可以了？

一般不设置就行了，计算的时候算单胞，不必做其他处理，对称性识别有个范围，有点偏差对称性也能认得出。

作者
Author: maxiaxia 时间: 2015-9-8 15:38

万里云发表于 2015-9-6 22:50
对任何给定的晶体对称性，VASP执行这个计算在primitive cell上。为什么在原胞上面算呢？
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请问原包和晶包有什么区别，本人新手，刚接触材料计算。

作者
Author: 万里云 时间: 2015-9-8 16:57

maxiaxia 发表于 2015-9-8 15:38
请问原包和晶包有什么区别，本人新手，刚接触材料计算。

晶胞具有整个晶体的对称性，原胞只有平移对称性。最明显的例子就是六方晶系的晶体。

作者
Author: xiaozhou 时间: 2021-9-16 17:07

万里云发表于 2015-9-8 16:57
晶胞具有整个晶体的对称性，原胞只有平移对称性。最明显的例子就是六方晶系的晶体。

想问一下，六方晶系的Mg先在MS中make P1然后建立超胞后晶系变成了triclinic(三斜)晶系，会对vasp计算有影响吗？

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