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标题: 求助：NPT平衡时盒子收缩导致金原子间距缩小 [打印本页]

作者
Author: brucelee 时间: 2020-4-18 15:47
标题: 求助：NPT平衡时盒子收缩导致金原子间距缩小
最近在做一个金纳米粒和蛋白质相互作用的体系，金原子全部用freeze功能冻结的，但是跑完NPT平衡后盒子收缩导致金原子的位置也收缩了，这样金的晶格参数显然是不合理的，有什么方法可以解决这个问题吗？（我用的模型金原子之间是没有相互作用的）

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2020-4-18 16:52
refcoord-scaling=no

作者
Author: brucelee 时间: 2020-4-18 18:39

wuzhiyi 发表于 2020-4-18 16:52
refcoord-scaling=no

谢谢我去试试！

作者
Author: brucelee 时间: 2020-4-19 15:34

wuzhiyi 发表于 2020-4-18 16:52
refcoord-scaling=no

我把改了这个指令还是不行，冻结原子的位置还是会改变

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2020-4-19 16:38
不可能你咋冻的？ position restraint 的k是多少？

作者
Author: brucelee 时间: 2020-4-23 22:01

wuzhiyi 发表于 2020-4-19 16:38
不可能你咋冻的？ position restraint 的k是多少？

我用的freeze-grps直接把金原子冻结，没有用位置限制

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-25 03:15
如果是个孤立的纳米粒，而不是跨越盒子的，用位置限制而别用freeze，然后按照2L的说法肯定行

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