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标题: Lammps LJ单位的交流 [打印本页]

作者
Author: chittyda 时间: 2015-9-7 04:03
标题: Lammps LJ单位的交流
有关Lammps的LJ单位的在mannual中的解读如下：

mass = mass or m
distance = sigma, where x* = x / sigma
time = tau, where t* = t (epsilon / m / sigma^2)^1/2
energy = epsilon, where E* = E / epsilon
velocity = sigma/tau, where v* = v tau / sigma
force = epsilon/sigma, where f* = f sigma / epsilon
torque = epsilon, where t* = t / epsilon
temperature = reduced LJ temperature, where T* = T Kb / epsilon
pressure = reduced LJ pressure, where P* = P sigma^3 / epsilon
dynamic viscosity = reduced LJ viscosity, where eta* = eta sigma^3 / epsilon / tau
charge = reduced LJ charge, where q* = q / (4 pi perm0 sigma epsilon)^1/2
dipole = reduced LJ dipole, moment where *mu = mu / (4 pi perm0 sigma^3 epsilon)^1/2
electric field = force/charge, where E* = E (4 pi perm0 sigma epsilon)^1/2 sigma / epsilon
density = mass/volume, where rho* = rho sigma^dim

大体上知道了LJ相关单位是怎么回事，例如一个体系中有A,B,C,D四种原子，那么会有多个sigma和epsilon，利用混合规则可以得到原子间sigma和epsilon，此时如果规定了其中一个sigma为1，那么另外的sigma就会随之改变，由此定义了相关的pair参数。有两个问题：（1）以此理解类推，如果fix 1 all nvt 1.0 1.0 0.1，即是指温度保持不变做0.1T下的tdamp进行模拟，那此时的模拟是如何体现具体what温度下的平衡状态呢？这时T*=T*Kb / epsilon的意义是什么？难道要实现温度的意义就要定义real形式？（感觉不会是这样，应该还是有别的理解方法吧，个人觉得这个问题很基础但又很关键，希望路过的大神解释下）（2）之前根据大家的方法输出了data文件，此时如果原子定义成lj类型，那data文件中不同单位的坐标、参数岂不是都要随着进行改变？想知道大家如何解决这个问题的？

希望大家不吝赐教，谢谢！

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