计算化学公社

标题: 求助：gromacs计算体系的熵和焓随反应坐标的变化 [打印本页]

作者
Author: xiaos 时间: 2020-4-20 08:49
标题: 求助：gromacs计算体系的熵和焓随反应坐标的变化
本帖最后由 xiaos 于 2020-4-20 18:31 编辑

各位老师好，在使用Gromacs计算体系的热力学性质和结合自由能时，有以下问题：1、如何计算体系随反应坐标变化的△H和-T△S？
2、如何将△H或-T△S分解到体系中各单体分子？

作者
Author: IamHK 时间: 2021-4-21 16:21
您好，请问您这个问题解决了吗？可以分享一下方法吗？谢谢。

作者
Author: 白也 时间: 2021-4-21 21:22
同问，请问怎么解决？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-3 03:41
1 大抵是定义一个特殊的坐标ξ，把动力学每一帧都投影到ξ上，对落在每个ξ小区间内的帧，都按照标准的计算H、G、S的公式进行计算（例如U、H就是分别对这些帧的势能、势能+PV取时间平均）
2 估计是用gromacs的energy group功能，把势能分解成不同组分间的相互作用

作者
Author: xiaos 时间: 2021-5-4 08:04

sobereva 发表于 2021-5-3 03:41
1 大抵是定义一个特殊的坐标ξ，把动力学每一帧都投影到ξ上，对落在每个ξ小区间内的帧，都按照标准的计算 ...

谢谢sob老师的解答，计算熵贡献时. 是否需要首先进行能量最小化(对非键相互作用不使用截断), 然后进行简正分析, 计算质量加权的Hessian矩阵, 并进行对角化, 最后再利用得到的频率计算熵贡献？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-4 08:39

xiaos 发表于 2021-5-4 08:04
谢谢sob老师的解答，计算熵贡献时. 是否需要首先进行能量最小化(对非键相互作用不使用截断), 然后进行简 ...

E是势能，尖括号是时间平均
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作者
Author: xiaos 时间: 2021-5-4 11:02

sobereva 发表于 2021-5-4 08:39
E是势能，尖括号是时间平均

谢谢sob老师的解答

我尝试一下设置不同的energy group，再提取能量项进行分析

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