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标题: 求助关于opt=tight int=ultrafine [打印本页]

作者
Author: chasejabble 时间: 2015-9-7 15:20
标题: 求助关于opt=tight int=ultrafine
1，高斯优化过程中，使用opt=tight, int=ultrafine.之后的结构的能量相比于没有使用这些关键词来说，能量增加或减少的多不多。
2，对于一个不用opt=tight, int=ultrafine.就可以优化的结构，加上这些opt=tight, int=ultrafine.关键词之后，得到的结构和不加关键词得到的结构应该是一样，那能量呢？
3，如果我有一些（不是少数）结构需要优化，百分之99都不需要加上述关键词，偏偏最后一个结构优化很头疼，需要加这个关键词，那么我要比较整体能量的情况岂不是无意义。这样子做岂不是岂不是很浪费时间。然后再重新将之前不需要加关键词的已经优化好的结构加上关键词之后再优化一遍。
可有解决方法吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-7 16:26
1 和泛函有关系，能量增加或减少不一定。
2 得到的结构不精确一样。

opt=tight不会令优化更容易，只会令优化更难，因为收敛限变严了。

对于横向对比的目的，可以有的分子在int=ultrafine下优化，而有的用默认，这对于结构的影响很小。但是对比能量时，必须要么都用int=ultrafine，要么都不用。
如果某一个体系需要int=ultrafine才能几何优化收敛，而其它体系原先是在默认下得到了能量，那为了横向对比，有两种选择：(1)在int=ultrafine下重算一次其它体系的单点。(2)在默认格点设定下计算当前这个体系的单点。

作者
Author: chasejabble 时间: 2015-9-7 16:46
老师，您好
以下是我优化结构时加关键字的的输入文件的头
# opt=tight b3lyp/genecp nosymm geom=connectivity scfcyc=199 int=ultrafine
最后能量为-3084.91786263
以下是没有加关键字的输入文件的头
# opt b3lyp/genecp nosymm geom=connectivity scfcyc=199
最后能量为-3084.91761100
二者的能量相差很小，而且换算成千卡之后，相差也是在小数点之后第一位。
那么你说，这能量相差这么小，为什么不能用int=ultrafine 下的能量，两个做一个相对能量的比较呢

作者
Author: chasejabble 时间: 2015-9-7 16:53
老师，还有一个问题，我优化结构的时候出现错误，inaccurate quadrature in caldsu.
我选择的解决方法，是加int=ultrafine, scf=novaracc, geuss=indo。之所以三个一起用，是因为单用一个不顶用。我其他的结构没有出现上述错误 inaccurate quadrature in caldsu。那么为了像您说的，我要比较优化之后的能量，那么我其他结构优化的时候需要不需要加int=ultrafine

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-7 17:32

chasejabble 发表于 2015-9-7 16:46
老师，您好
以下是我优化结构时加关键字的的输入文件的头
# opt=tight b3lyp/genecp nosymm geom=connect ...

有的泛函对格点比较敏感，即meta那类基于动能密度的泛函，特别是明尼苏达系列泛函。B3LYP这样的对格点依赖性相对没那么高，但是kcal/mol时小数点后相差第一位实际上也不算完全可以忽略，高精度计算追求的精度都达到误差1kcal/mol以下。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-7 17:33

chasejabble 发表于 2015-9-7 16:53
老师，还有一个问题，我优化结构的时候出现错误，inaccurate quadrature in caldsu.
我选择的解决方法，是 ...

优化的时候加不加int=ultrafine都行，毕竟只对结构有极微小的影响，而能量对结构的影响又是很微小。关键是比较能量的时候格点得一致。

作者
Author: chasejabble 时间: 2015-9-7 18:46
本帖最后由 chasejabble 于 2015-9-7 18:50 编辑

谢谢老师的答复，因为，我所有的结构优化好之后，我需要用他们的能量做一个比较（就用优化结构附带的能量），看哪个相对来说比较稳定。所以，从这个方面来说，能量还是比较重要的。那这种情况下，我需不需要加int=ultrafine.意思也就是说，为了通过比较他们之间的相互能量，来确定一个相对的稳定性。那么需要在相同的格点上来比较了。那么这么来说，int=ultrafine，就是需要的了

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-8 04:35

chasejabble 发表于 2015-9-7 18:46
谢谢老师的答复，因为，我所有的结构优化好之后，我需要用他们的能量做一个比较（就用优化结构附带的能量） ...

既然你有的结构必须在int=ultrafine下才能收敛，那你比较能量的时候，就把优化过的其它体系再在int=ultrafine下算一次单点。
如果你嫌重算那么多麻烦，那你就把你这几个int=ultrafine优化后的体系在默认条件下再算一次单点，这样就能和之前已经算过的体系对比了。

作者
Author: chasejabble 时间: 2015-9-8 09:36
嗯，知道了，谢谢老师

作者
Author: 长颈鹿先森 时间: 2018-12-23 15:16

sobereva 发表于 2015-9-8 04:35
既然你有的结构必须在int=ultrafine下才能收敛，那你比较能量的时候，就把优化过的其它体系再在int=ultra ...

老师您好，如果我优化一个分子时用了int=ultrafine opt freq,之后再在高水平上计算单点能的时候使用的就是默认的，没有使用关键词int=ultrafine，那么我比较这个分子所在体系的自由能垒等能量问题时是不是就可以直接正常比较能垒什么的，不用将体系中其它分子也在Int=ultrafine积分格点上优化，再计算单点能了吧。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-12-23 18:10

长颈鹿先森发表于 2018-12-23 15:16
老师您好，如果我优化一个分子时用了int=ultrafine opt freq,之后再在高水平上计算单点能的时候使用的就 ...

对

虽然原理上其它分子也应该在ultrafine下opt freq，但由于通常影响不大（尤其是你用的并非明尼苏达系列泛函时），可以不考虑这个差异。

作者
Author: 长颈鹿先森 时间: 2018-12-23 20:15

sobereva 发表于 2018-12-23 18:10
对

虽然原理上其它分子也应该在ultrafine下opt freq，但由于通常影响不大（尤其是你用的并非明尼苏达 ...

老师我忘说了，我用的是明尼苏达泛函M06-2x，我本来认为我比较一个化学反应的自由能垒等问题时，只要我用在高水平单点能计算时积分格点一样，就没有问题呢，几何优化时也必须统一都一样的积分格点吗？（只要有一个用了int=ultrafine，其他的结构几何优化时也必须用int=ultrafine？）。
A+B--->C的反应我如果要计算这个反应的自由能的话，若A优化时用了int=ultrafine，但高水平的单点能计算没有int=ultrafine使用的是默认，那B和C几何优化时也要int=ultrafine？
或者按您回复楼上的意思，我可以使用A分子int=ultrafine之后优化的结构，再在默认积分格点上重新优化和频率计算，（高水平单点能使用默认格点精度）就可以与B和C分子之间进行计算自由能了是吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-12-24 01:15

长颈鹿先森发表于 2018-12-23 20:15
老师我忘说了，我用的是明尼苏达泛函M06-2x，我本来认为我比较一个化学反应的自由能垒等问题时，只要我用 ...

积分格点对优化、振动分析的影响程度远低于对单点的影响。如果不是算弱相互作用体系或者牵扯到一些高度柔性的变量的话，对不同体系做opt freq的时候积分格点不严格一致一般也可以接受。如果不确信影响是否可以接受，可以用当前计算的一批体系中的其中一个测试一下。
建议你以后用M06-2X的时候无论opt freq还是单点始终都用ultrafine，这样省心得多

作者
Author: 长颈鹿先森 时间: 2018-12-24 09:13

sobereva 发表于 2018-12-24 01:15
积分格点对优化、振动分析的影响程度远低于对单点的影响。如果不是算弱相互作用体系或者牵扯到一些高度柔 ...

谢谢老师，明白了，我已经计算了体系中的一个，比较了opt freq在使用int=ultrafine前后，结构的变化，我的体系变化很小。以后我还是都用ultrafine吧，这样省心，太感谢您了。

作者
Author: hhwang 时间: 2020-2-27 01:02

sobereva 发表于 2015-9-8 04:35
既然你有的结构必须在int=ultrafine下才能收敛，那你比较能量的时候，就把优化过的其它体系再在int=ultra ...

老师，上面的问题如果都加上了int=ultrafine，没有加opt=tight，但是在计算过程中，发现有些计算结果不收敛，需要加opt=tight,请问这个关键词也需要都加上吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-27 07:00

hhwang 发表于 2020-2-27 01:02
老师，上面的问题如果都加上了int=ultrafine，没有加opt=tight，但是在计算过程中，发现有些计算结果不收 ...

“计算结果不收敛，需要加opt=tight”完全违背逻辑
几何优化收敛限越严显然才越难达到收敛

作者
Author: hhwang 时间: 2020-2-27 17:24

sobereva 发表于 2020-2-27 07:00
“计算结果不收敛，需要加opt=tight”完全违背逻辑
几何优化收敛限越严显然才越难达到收敛

老师，我用这个命令语句
#p freq m062x/def2tzvp em=gd3 int=ultrafine opt(ts,calcall,noeigen,tight) no symm iop(2/11=1)
就像您说的，出现了L9999错误，我用优化过后的结构去掉opt=tight，达到了4个YES的收敛状态。
我的疑惑是，opt=tight这个命令语句是不是和 int=ultrafine一样会对计算的体系产生系统性影响？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-28 02:57

hhwang 发表于 2020-2-27 17:24
老师，我用这个命令语句
#p freq m062x/def2tzvp em=gd3 int=ultrafine opt(ts,calcall,noeigen,tight) ...

不会

作者
Author: hhwang 时间: 2020-2-28 13:53

sobereva 发表于 2020-2-28 02:57
不会

好的，谢谢老师

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