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标题: 用PM7优化的长链烃分子在NPT调密度时发生断裂 [打印本页]

作者
Author: li447fan 时间: 2020-4-20 12:31
标题: 用PM7优化的长链烃分子在NPT调密度时发生断裂
体系是长链脂肪烃或甘油三酯，如C57H110O6，开始时已经用PM7优化成功。NPT调整密度时，60*60*60的盒子，放置10个甘油三酯分子，温度参数100K，压强参数分别试验过0.1MPa，1MPa,10MPa，50MPa，都会在不久之后就发生链断裂现象。
这是因为PM7太粗糙了吗，应该换用B3LYPD3事先优化吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-20 16:09
你得说清楚用的什么程序跑的MD，用的什么力场、拓扑文件怎么搞的，没有这些根本没法回答
显然MD过程中断裂和你用什么优化毫无关系，这只可能是力场参数有问题或者拓扑信息不合理

对于优化这种普通有机体系，PM7做优化完全没问题。

作者
Author: li447fan 时间: 2020-4-21 14:26
本帖最后由 li447fan 于 2020-4-21 14:27 编辑

sobereva 发表于 2020-4-20 16:09
你得说清楚用的什么程序跑的MD，用的什么力场、拓扑文件怎么搞的，没有这些根本没法回答
显然MD过程中断裂 ...

用的是ADF跑的ReaxFF CHO，拓扑文件是下载的chemspider上的引用量高的。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-22 04:09
我不用阿道夫。我不知道你有什么理由必须要用reaxFF。用免费的gromacs跑这个快几个数量级，而且靠GAFF等力场可以很好描述，还不会出现断裂问题。

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