计算化学公社

标题: 求助：antechamber参数化配体分子的问题 [打印本页]

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作者
Author: qmlearner    时间: 2020-4-20 15:08
标题: 求助：antechamber参数化配体分子的问题


                                

配体分子LIG与蛋白中的某个氨基酸残基通过肽键共价相连，想用sander对体系进行分子动力学模拟，需要得到LIG的相关参数文件，我的步骤如下：

1.首先参照社长用Multiwfn计算RESP电荷的帖子（http://sobereva.com/531）计算得到LIG的RESP电荷。

2.然后执行 antechamber-i LIG.pdb -fi pdb -o LIG.mol2 -fo mol2  -pf y -cf resp.chg

  得到包含charge和bond信息的mol2文件。

  我的mol2文件中电荷仍然是0，所以手动将resp.chg中的电荷信息复制到mol2文件中。

3.将mol2文件转换为prep文件：

   antechamber -i LIG.mol2 -fi mol2 -o LIG.prepi -fo prepi -pf y

出现以下错误：

Welcome toantechamber 19.0: molecular input file processor.

acdoctor mode is on:check and diagnose problems in the input file.

-- Check Format formol2 File --

   Status: pass

-- Check UnusualElements --

   Status: pass

-- Check OpenValences --

   Status: pass

-- Check Geometry --

      for thosebonded   

      for those notbonded   

   Status: pass

-- Check Weird Bonds--

～/amber18/bin/to_be_dispatched/antechamber:Fatal Error!

Weird atomic valence (2) for atom (ID: 1, Name: N).

      Possible open valence.

google了相关问题，有一些帖子说有可能是bond type的问题，比如一个C原子最高4价，可以成4个键，但如果bondtype不对会导致一个C成5个键，从而出现Weird atomic valence (5) for atom (ID: 1, Name:C)的问题。我检查了一下我的mol2文件没有这种问题，请问下这种问题还有没有其他的处理建议？

我的LIG分子有一个正电荷，我上传了.pdb文件和.mol2文件。

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作者
Author: sobereva    时间: 2020-4-20 16:03
chg是Multiwfn私有的格式，显然antechamber不认，必须手动复制到mol2里

直接用pdb当做antechamber的输入文件，或者先用antechamber或openbabel把pdb转成mol2再用这个mol2当输入文件。否则antechamber会直接用你提供的mol2里的成键关系，如果有比较异常的情况antechamber就没法搞。而antechamber或openbabel转出来的mol2文件的成键关系通常都是较为恰当的。

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作者
Author: qmlearner    时间: 2020-4-22 16:57

sobereva 发表于 2020-4-20 16:03
chg是Multiwfn私有的格式，显然antechamber不认，必须手动复制到mol2里

直接用pdb当做antechamber的输入 ...

多谢社长。最终解决方法是：1）antechamber -i LIG.mol2 -fi mol2 -o LIG.mol2 -fo mol2  -pf y -cf resp.chg，将RESP电荷手动复制到LIG.mol2中， 2）然后通过parmchk2检查缺失的GAFF力场参数信息，写入LIG.frcmod中，pramchk2 -i LIG.mol2 -f mol2 -o LIG.frcmod。

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