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标题: 拟合二面角参数时，MM扫的二面角势能线参差不齐，存在问题吗？ [打印本页]

作者
Author: 破晓时的曙光 时间: 2020-4-20 22:03
标题: 拟合二面角参数时，MM扫的二面角势能线参差不齐，存在问题吗？
我在按照正常拟合二面角的步骤拟合某个分子的二面角参数时，发现关闭二面角参数后，扫的某个二面角势能线参差不齐，DFT减去MM能量得到的intrinsic二面角扭转项很不平滑，拟合参数之后，重新扫的MM势能线依然不是很平滑，这个存在问题吗 (, 下载次数 Times of downloads: 35)

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-20 22:56
没实际结构、mdp文件不好说
如果是单个分子体系，应当用普通cutoff方式计算非键作用并且设置成无穷远距离都考虑，免得因为截断、数值因素造成噪音。

作者
Author: 破晓时的曙光 时间: 2020-4-20 23:29
本帖最后由破晓时的曙光于 2020-4-21 00:02 编辑

sobereva 发表于 2020-4-20 22:56
没实际结构、mdp文件不好说
如果是单个分子体系，应当用普通cutoff方式计算非键作用并且设置成无穷远距离 ...

我的mdp是这个样子的：

define =
integrator = md
dt       = 0.002 ; ps
nsteps    = 100000
comm-grps  = system
comm-mode  = Angular
energygrps =
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 500
nstenergy = 500
nstxout-compressed = 500
compressed-x-grps  = system
;
pbc = no
nstlist = 0
rlist = 0
cutoff-scheme = group
coulombtype = cut-off
rcoulomb    = 0
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 0
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 0.2
tc_grps = system
ref_t = 298.15
;
gen_vel  = no
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim =
constraints = hbonds

已经采用了简单cutoff的方法，还有可能有其他因素造成噪音吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-22 04:21

破晓时的曙光发表于 2020-4-20 23:29
我的mdp是这个样子的：

define =

我想不出有什么其它可能。
gmx energy会把范德华作用、静电作用、成键项能量分别给出，都作图看看到底哪部分导致的不平滑

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