计算化学公社
标题: cp2k7.1安装中遇到的几个问题 [打印本页]
作者Author: wanlichuan 时间: 2020-4-21 00:05
标题: cp2k7.1安装中遇到的几个问题
在centos7.6虚拟机上，直接用目录下的 tools/toolchain/install_cp2k_toolchain.sh脚本可自动安装cp2k6.1, 一切正常。但是用同样的方法安装cp2k7.1，出现了如下错误：
==================== Installing ELPA====================
elpa-2019.05.001.tar.gz: OK
Checksum of elpa-2019.05.001.tar.gz Ok
Installing from scratch into /home/cp2k/cp2k-7.1.0/tools/toolchain/install/elpa-2019.05.001
ERROR: (./scripts/install_elpa.sh, line 103)Non-zero exit code detected.
Step ptscotch took 0.00 seconds.
Step parmetis took 0.00 seconds.
Step metis took 0.00 seconds.
Step superlu took 0.00 seconds.
Step pexsi took 0.00 seconds.
Step quip took 0.00 seconds.
Step plumed took 0.00 seconds.
==================== Installing gsl ====================
打开scripts/install_elpa.sh文件的第103行，是这样的：
make -j $NPROCS ${ELPA_MAKEOPTS}>make.log 2>&1
不知道“Non-zero exit code detected”指什么？怎么修改？
后来手动安装elpa，用下面的指令：
1）wgethttp://elpa.mpcdf.mpg.de/html/Re ... -2019.11.001.tar.gz
2）tar xvf elpa-2019.11.001.tar.gz
3）cd elpa-2019.11.001
4）wget --no-check-certificate https://github.com/hfp/xconfigure/raw/master/configure-get.sh
5）chmod +x configure-get.sh
6）./configure-get.sh elpa
在第4步的时候出错，错误信息如下：
--2020-04-2020:49:55-- https://github.com/hfp/xconfigure/raw/master/configure-get.sh
Resolvinggithub.com (github.com)... 13.229.188.59
Connectingto github.com (github.com)|13.229.188.59|:443... connected.
HTTPrequest sent, awaiting response... 302 Found
Location:https://raw.githubusercontent.co ... er/configure-get.sh [following]
--2020-04-2020:49:56-- https://raw.githubusercontent.co ... er/configure-get.sh
Resolvingraw.githubusercontent.com (raw.githubusercontent.com)... ::1, 127.0.0.1
Connectingto raw.githubusercontent.com (raw.githubusercontent.com)|::1|:443... failed:Connection refused.
Connectingto raw.githubusercontent.com (raw.githubusercontent.com)|127.0.0.1|:443...failed: Connection refused.
后来用“./configure + make install”的模式，configure也出错：
configure:error: could not link with blas: specify path
请教高手，上面这些报错都该怎么解？怎么安装elpa呢？
谢谢。
作者Author: haizhiwuyu 时间: 2020-4-21 08:19
用toolchain脚本编译时，错误信息应当去/tools/toolchain/build/elpa文件下去查看，建议重点排查是不是python 的问题。
作者Author: wanlichuan 时间: 2020-4-21 09:20
谢谢回复。我查看了一下，在/tools/toolchain/build/中没有一个叫“elpa”的文件夹，只有一个叫“elpa-2019.05.001”的，其下有939个文件。从修改日期上看，只有“obj_no_thread”文件夹的最后修改日期是新的，其他都是2019年修改。这个文件夹下也有491个文件。不知道应该查看哪个文件。请大侠再指点一二。
[img][/img]
谢谢。
作者Author: wanlichuan 时间: 2020-4-21 09:25
刚才粘帖的图片未显示，重新粘帖一遍。
作者Author: jiangning198511 时间: 2020-4-21 09:32
感觉是网络原因，是不是没有下载完全，我安装过CP2K7.1,和你的方法一样，没有任何问题
作者Author: wanlichuan 时间: 2020-4-21 09:55
哦，这倒有可能，我再重新装一遍。谢谢回复。
作者Author: haizhiwuyu 时间: 2020-4-22 19:04
所有的log文件，看错误信息
作者Author: amani73986 时间: 2020-5-12 17:31
你好，请问这个问题解决了么？我也遇到了一样的问题，重装了几次都不行。谢谢。
作者Author: wanlichuan 时间: 2020-5-13 12:01
没有。用不同方法重装了几次，也看了看相关文件，一直没找到解决办法。现在还是用6.1版。
作者Author: wangtaochem 时间: 2020-5-14 10:19
http://bbs.keinsci.com/thread-17324-1-1.html，我在该帖子里上传了cp2k7.1版本脚本编译所需源码包、高版本gcc和build文件，centos 7 gcc编译，亲测可以完成编译。
作者Author: wanlichuan 时间: 2020-5-14 19:55
太好了，非常感谢。我试试。
作者Author: MADAOLay 时间: 2020-5-23 19:23
您好，请问您最终cp2k编译成功了吗，我现在也出现了Non-zero exit code detected的问题，不知道如何解决
作者Author: wanlichuan 时间: 2020-5-24 19:12
没有，按照10楼wangtaochem老师的方法也不行。前面几步都没问题，先安装GCC、openmpi和cmake，都很顺利，但是通过“install_cp2k_toolchain.sh”自动安装的时候还是ELPA失败。手动安装也不行。一直没找到原因所在。
作者Author: pwzhou 时间: 2020-5-24 19:32
make.log最后应该有出错信息的。
作者Author: wanlichuan 时间: 2020-5-25 19:19
谢谢您的回复。也看过这个文件（见附件），里面有很多信息，一头雾水，不知道怎么解决。
作者Author: pwzhou 时间: 2020-5-25 23:47
zpotrf_omp_gen.f:(.text+0x15d): undefined reference to `mkl_lapack_xzpotrf'
/home/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl/lib/intel64/libmkl_sequential.a(dpotrf_seq.o): In function `mkl_lapack_dpotrf':
最后的报错信息全部是关于Intel MKL库的，应该是Intel MKL的编译参数没选对。根据上面这个提示，大概是这样的，你编译elpa的时候是选择了openmp并行的，但是你链接的Intel的数学库是libmkl_sequential.a，这个库文件是串行的，不支持openmp，intel MKL支持openmp的库文件是libmkl_intel_thread.a
使用32位整数，openmp并行的时候，且静态链接MKL的编译参数如下：
-Wl,--start-group ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_intel_lp64.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_intel_thread.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_core.a -Wl,--end-group -liomp5 -lpthread -lm -ldl
这些编译参数可以从Intel的如下网站直接获得：
https://software.intel.com/conte ... k-line-advisor.html
作者Author: pwzhou 时间: 2020-5-25 23:50
不过你既然是自动安装，那很可能你的Intel MKL的环境有点小问题
作者Author: wanlichuan 时间: 2020-6-1 23:47
pwzhou老师您好。谢谢您的分析和建议。我后来尝试过重新从头安装不同版本的虚拟机（如CentOS7.6，7.8， Ubuntu18.04，20.04），也试了Intel_Parallel_Studio_XE_2019_Update_1、Update_3和GNU编译器，最终都是有一个模块通不过。多数情况是先装好编译器和OpenMPI，然后自动安装，最后手动安装失败的模块。现在实在是没辙了。先放一放，学习一段时间再回头弄。
作者Author: raolixiang 时间: 2020-7-14 15:30
可以看看这个
作者Author: raolixiang 时间: 2020-7-14 15:30
看看和API有没有关系
作者Author: yoghurt117 时间: 2020-7-22 23:04
我也是出现了Non-zero exit code detected的问题，不只是elpa，其它好像libxsmm也是这个问题，我用的fedora30,32都试了，不知道怎么回事，后来没办法换回scientific linux6.5,老版本的linux没出这个问题。
总之，cp2k就是各种报错，安装不起来。
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