计算化学公社

标题: 求助：MCPB.py对于结晶水的处理问题 [打印本页]

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作者
Author: 八月的雨季    时间: 2020-4-21 00:43
标题: 求助：MCPB.py对于结晶水的处理问题


  各位同仁，我有一个很大的疑惑。在采用MCPB.py构建酶金属位点的键合模型参数时，因为Mg2+与2个残基和4个水分子配位，按我的理解，这4个水分子是应该保留下来的。也就是说，这4个结晶水应该参加RESP电荷与力参数的计算。我也仔细看了AMBER说明书关于MCPB的内容，里面提及如果要保留结晶水，就把它单独存为PDB，做成mol2文件。我很疑惑，然后该怎么办？教程后面根本就没有提及这部分相关内容了。我想咨询各位，第一：这4个结晶水是否要加入到模型中与2个残基一起进行DFT优化、RESP、force constant的计算？第二，如果要加入模型中，那么需要在AMBER教程里提供的用于生成DFT计算的输入文件中加入什么？简单地写上：wat_mol2files WAT.mol2吗？（此输入文件见贴图，图中MNS为金属位点的小分子）或者是其他的方法？

• AMBER MCPB.py案例链接：http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial20/mcpbpy.htm，原文相关描述如下：
  If you want to keep crystal water(s) during the modeling, you can copy itinto one single PDB file (e.g. WAT.pdb herein)and then use tleap to add the hydrogen atoms to the water molecule(s).
  tleap -s -f wat_tleap.in > wat_tleap.out
  You will get a WAT_H.pdb file,which has hydrogen atoms added to the crystal waters.
  And you can use antechamber to generate the mol2 files for the water molecule(s).Here we treat the atoms using AMBER atom types.
  antechamber -fi pdb -fo mol2 -i WAT_H.pdb -o WAT.mol2-at amber -c bcc -pf y
  Here we can see that antechamber assgined the atom types of H1 and H2 in WAT.mol2as "HO", we can change them to "HW" atom type (the hydrogen atoms in watermolecule) manually.Here is the mol2 file after modification WAT.mol2.
• 2. Generate the PDB, Gaussian, GAMESS-US and fingerprint modeling files(effort: several minutes):
  We need to create the input file manually.Here is the input file 1OKL.in.Users can check the pages 287-291in the AMBER 2016 reference manualfor the input parameters used by MCPB.py.One can also use Gaussian09 or GAMESS-US other than Gaussian03 to performthe QM calculations.When using Gaussian09, please add "software_version g09" as a line into the1OKL.in file.
• We perform the following command:
  MCPB.py -i 1OKL.in -s 1
  In this step, the PDB and fingerprint files of the small, standardand large models will be generated.The Gaussian input files of the small and large models will alsobe generated.
  

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作者
Author: liu19950830    时间: 2024-5-20 19:19
请问楼主解决了吗？我也是用MCPB.PY，需要8个结晶水，但是处理不了。想请教一下怎么修改

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作者
Author: student0618    时间: 2024-6-20 17:10
用tutorial的例子， 在1OKL.in 文件naa_mol2files 加上水分子mol2即可，如：

1. naa_mol2files MNS.mol2 WAT.mol2

复制代码

MCPB.py 跟這教程做自己system要記得檢查水分子兩顆氫的電荷，不留神電荷相差太大直接跑MD會出問題。

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作者
Author: 命若回音_cxy    时间: 2024-9-10 15:57

student0618 发表于 2024-6-20 17:10
用tutorial的例子， 在1OKL.in 文件naa_mol2files 加上水分子mol2即可，如：

您好，我想请问一下如果需要保存多个水分子的话，每个水分子都需要单独生成一个mol2文件吗？

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