计算化学公社

标题: gaussian软件能模拟复杂环境下的反应吗？ [打印本页]

作者
Author: Adolphin 时间: 2020-4-21 13:53
标题: gaussian软件能模拟复杂环境下的反应吗？
请问老师gaussian软件能模拟复杂环境下的反应吗？比如发酵反应的话过程很复杂，我主要选择其中最主要的一条反应，反应过程已经确定，生成物、中间产物都清楚。但是环境因素该如何设置，比如催化剂，甚至是细菌、微生物之类的该如何设定？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-21 17:42
环境因素只能简化考虑

催化剂必须明确描述，这对反应机理影响太大了。直接把催化剂画出来，如果催化剂太大，至少简化成一个足够描述催化效应的简单的算得动的模型。

细菌、微生物无视掉，但如果这些东西导致反应环境的诸如pH发生了变化，需要恰当考虑反应物的质子化态、酸催化/碱催化这些。如果其中某些蛋白质起到催化作用，当成催化剂考虑。

作者
Author: Adolphin 时间: 2020-4-23 11:38

sobereva 发表于 2020-4-21 17:42
环境因素只能简化考虑

催化剂必须明确描述，这对反应机理影响太大了。直接把催化剂画出来，如果催化剂太 ...

明白了，谢谢老师。老师请问如果是要设置酸性条件下的反应，要如何设置？是在输入文件中加上氢离子，还是在文本中设定呢？麻烦老师解答疑惑。

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-4-23 13:22
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2020-4-23 13:25 编辑

Adolphin 发表于 2020-4-23 11:38
明白了，谢谢老师。老师请问如果是要设置酸性条件下的反应，要如何设置？是在输入文件中加上氢离子，还是 ...

没法直接设置。

可以让溶质分子处于合适的质子化状态。如果氢离子直接参与反应，按常规方法考虑即可。

作者
Author: Adolphin 时间: 2020-4-24 11:12

hebrewsnabla 发表于 2020-4-23 13:22
没法直接设置。

可以让溶质分子处于合适的质子化状态。如果氢离子直接参与反应，按常规方法考虑即可。

好的，谢谢您的解答

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