计算化学公社

标题: 请问pipi电子云作用属于范德华力吗？ [打印本页]

作者
Author: 明园 时间: 2020-4-21 17:07
标题: 请问pipi电子云作用属于范德华力吗？
本帖最后由明园于 2020-4-24 22:39 编辑

老师，请问pipi电子云作用属于范德华力吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-21 17:36
看此文开头对弱相互作用本质的简介
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413（http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html）

这种作用特征叫做pi-pi堆积，本质是色散作用，专门的对本质的研究文章看DOI: 10.1002/anie.200705157

作者
Author: 明园 时间: 2020-4-21 19:11

sobereva 发表于 2020-4-21 17:36
看此文开头对弱相互作用本质的简介
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413 ...

谢谢老师，老师我还想问一个问题，上面的图片是我的体系(体系非常大)，是凝胶因子在十六烷里通过gmx跑了30ns，体系中分子的长链和溶剂十六烷会产生范德华作用，苯环和苯环之间会产生pipi堆积作用，苯环两端的羧基和酰胺会和下一个分子的羧基和酰胺产生氢键，我们想用动力学的方法来计算出这三种作用力谁占主导作用及各个作用力的贡献，是否可以使用教程中相互作用能的分析来计算出能量，从而确定呢？
但是老师教程中相互作用能的分析貌似只能分析出静电作用力和范德华作用力，请问老师有没有更好的方法可以计算出来呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-22 04:03

明园发表于 2020-4-21 19:11
谢谢老师，老师我还想问一个问题，上面的图片是我的体系(体系非常大)，是凝胶因子在十六烷里通过gmx跑了3 ...

我不知道你说的是什么教程
本来你这种体系分子间主要作用本质就是静电作用和范德华作用，所有你说的那些作用就是这两部分描述的

另外，不要轻易用“力”这个字，看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

作者
Author: 明园 时间: 2020-4-22 11:27

sobereva 发表于 2020-4-22 04:03
我不知道你说的是什么教程
本来你这种体系分子间主要作用本质就是静电作用和范德华作用，所有你说的那些 ...

好的谢谢老师，我说的教程是gromacs程序培训班的教程，在课上您教了用gmx energy 求相互作用能的分析，但是分析出来只有静电作用和范德华作用，请问老师能用gmx的方法从能量的角度区分氢键作用，pipi作用和范德华作用吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-23 06:51

明园发表于 2020-4-22 11:27
好的谢谢老师，我说的教程是gromacs程序培训班的教程，在课上您教了用gmx energy 求相互作用能的分析，但 ...

一般氢键作用主要本质就是静电作用，这篇论文里充分体现了
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

pi-pi作用本质就是范德华作用的色散吸引部分，显然只要把pi区域单独作为能量组，得到的范德华作用能就可以当做pi-pi堆积的能量

作者
Author: 明园 时间: 2020-4-23 12:22

sobereva 发表于 2020-4-23 06:51
一般氢键作用主要本质就是静电作用，这篇论文里充分体现了
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度： ...

好的谢谢老师

作者
Author: 明园 时间: 2020-4-24 22:37
本帖最后由明园于 2020-4-24 22:40 编辑

sobereva 发表于 2020-4-23 06:51
一般氢键作用主要本质就是静电作用，这篇论文里充分体现了
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度： ...

谢谢老师，老师我想再请教一个问题，我新上传了一张RMSD图，我想验证两个体系的稳定度，请问可以用体系RMSD来比较吗? 是否是值越低者越稳定呢？若是两条曲线相差很小，还有比较的需要吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-25 02:43

明园发表于 2020-4-24 22:37
谢谢老师，老师我想再请教一个问题，我新上传了一张RMSD图，我想验证两个体系的稳定度，请问可以用体系RM ...

一定程度上可以
是
相差太小的话就不要过度解释

另外，也可以绘制一下比如1000帧的轨迹叠加图（事先先做align消除平动和转动），从这样的图可以直观看出来波动的大小

作者
Author: 明园 时间: 2020-4-25 10:57

sobereva 发表于 2020-4-25 02:43
一定程度上可以
是
相差太小的话就不要过度解释

谢谢老师

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