计算化学公社

标题: 求助在npt时生成不了gro文件 [打印本页]

作者
Author: letty 时间: 2020-4-23 17:25
标题: 求助在npt时生成不了gro文件
在跑npt时遇到以下问题，请问如何解决
(, 下载次数 Times of downloads: 28)
以下是我的npt.mdp参数详情
title  =  NPT equilibration
; Start time and timestep in ps
integrator = md
nsteps    = 1000000
dt = 0.001
nstxout = 5000
nstvout = 5000
nstenergy = 5000
nstlog = 5000
continuation = no
constraint_algorithm = Lincs
constraints = none
lincs_iter = 1
lincs_order = 4
cutoff-scheme = Verlet
ns_type = grid
nstlist = 10
rcoulomb = 1.4
rvdw = 1.4
coulombtype = PME
pme_order = 4
fourierspacing = 0.16
; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS
; Temperature coupling
Tcoupl                =  nose-hoover
nsttcouple             = -1
nh-chain-length       = 10
; Groups to couple separately
tc-grps                = System
; Time constant (ps) and reference temperature (K)
tau_t                   = 0.2
ref_t                   = 298.15
; Pressure coupling
Pcoupl                = Parrinello-Rahman
Pcoupltype             = isotropic
; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)
tau_p                   = 0.5
compressibility       = 4.5e-5
ref_p                   = 1.
refcoord_scaling = com
pbc = xyz
Dispcorr = Enerpres
gen_vel = no

作者
Author: mol 时间: 2020-4-23 17:57
segment fault感觉一般和模拟参数设置关系不大，lz可以检查下构型是否合理，或者换台机器跑跑

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-23 19:15
mdp不合理、拓扑信息不合理、参数不合理、初始结构差都可能导致，光从你提供的信息上没法判断，只能反复检查。

单从mdp来说，建议用退火方式从0K缓慢升温，免得温度被快速拔上去造成不稳定。另外，如果体系还没平衡，不要用nose-hoover热浴和Parrinello-Rahman压浴。

作者
Author: letty 时间: 2020-4-23 21:15

sobereva 发表于 2020-4-23 19:15
mdp不合理、拓扑信息不合理、参数不合理、初始结构差都可能导致，光从你提供的信息上没法判断，只能反复检 ...

谢谢老师的回复

作者
Author: 马天湉 时间: 2023-3-21 16:58
请问问题解决了吗？我也遇到同样的问题了请问该如何解决？

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