计算化学公社

标题: 求一下硫酸根的OPLSAA力场文件 [打印本页]

作者
Author: rice 时间: 2020-4-23 17:33
标题: 求一下硫酸根的OPLSAA力场文件
各位老师好，小弟想找一下硫酸根的OPLS力场参数，包括LJ参数、键长、键角、二面角力场常数，我自己找的时候应该姿势不对，折腾了两天都没找到，只有死皮赖脸来发帖求助了，提前谢过大家了

作者
Author: rice 时间: 2020-4-23 18:09
或者说可以直接用acpype生成的SO42-的力场数据么？

作者
Author: liuyuje714 时间: 2020-4-23 18:19
这种东西文献上多的是。

作者
Author: rice 时间: 2020-4-23 18:27

liuyuje714 发表于 2020-4-23 18:19
这种东西文献上多的是。

您好，可以帮忙贴一篇文献么，我看硫酸氢根的参数蛮多的，硫酸根按道理来说也不少，但我就是眼拙了，没瞅到

作者
Author: niobium 时间: 2020-4-23 18:33
我这两天正好在找磷酸根，在ATB上找到的，上传一下硫酸根的pdb就可以了

作者
Author: rice 时间: 2020-4-23 18:42

niobium 发表于 2020-4-23 18:33
我这两天正好在找磷酸根，在ATB上找到的，上传一下硫酸根的pdb就可以了

谢谢，我这就去试一试

作者
Author: Frank 时间: 2020-4-23 19:16
http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-23 19:16

rice 发表于 2020-4-23 18:09
或者说可以直接用acpype生成的SO42-的力场数据么？

用acpype就完全可以，之后原子电荷用Multiwfn算的RESP电荷补上，注意计算时候约束四个氧的电荷等价（参看http://sobereva.com/441）

作者
Author: niobium 时间: 2020-4-23 22:07

sobereva 发表于 2020-4-23 19:16
用acpype就完全可以，之后原子电荷用Multiwfn算的RESP电荷补上，注意计算时候约束四个氧的电荷等价（参看 ...

请问社长，这种无机离子可以用gromos54a7吗

作者
Author: rice 时间: 2020-4-23 23:41

Frank 发表于 2020-4-23 19:16
http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/

感谢回复，这个OPLSAA的在线工具不支持生成硫酸根，硫酸氢根倒是可以

作者
Author: rice 时间: 2020-4-23 23:42

sobereva 发表于 2020-4-23 19:16
用acpype就完全可以，之后原子电荷用Multiwfn算的RESP电荷补上，注意计算时候约束四个氧的电荷等价（参看 ...

好的，谢谢sob老师

作者
Author: rice 时间: 2020-4-24 00:04

niobium 发表于 2020-4-23 18:33
我这两天正好在找磷酸根，在ATB上找到的，上传一下硫酸根的pdb就可以了

我在ATB找到了硫酸根的top文件，但是它是基于gromos54a7力场产生的，应该没法用，还是得用sob老师的建议

作者
Author: rice 时间: 2020-4-24 00:19

sobereva 发表于 2020-4-23 19:16
用acpype就完全可以，之后原子电荷用Multiwfn算的RESP电荷补上，注意计算时候约束四个氧的电荷等价（参看 ...

sob老师，我想模拟的是稀硫酸水溶液混合其他物质的特征，采用OPLSAA力场。您讲的时候不是说1.2*CM5、1.14*CM1A-LBCC电荷更适用于该力场么？还是说采用RESP电荷会更好？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-25 02:54

rice 发表于 2020-4-24 00:19
sob老师，我想模拟的是稀硫酸水溶液混合其他物质的特征，采用OPLSAA力场。您讲的时候不是说1.2*CM5、1.14 ...

1.2*CM5、1.14*CM1A-LBCC的那种说法是之前文章对有机体系做的测试，对于硫酸根这种特殊的情况不一定。而且从原理上来说，这俩电荷也都不适合硫酸根，因为乘了系数之后总电荷会变成非整数。RESP电荷表现的实际好坏也和具体怎么算关系很大，目前来看用RESP2更稳一些。

作者
Author: rice 时间: 2020-4-25 21:09

sobereva 发表于 2020-4-25 02:54
1.2*CM5、1.14*CM1A-LBCC的那种说法是之前文章对有机体系做的测试，对于硫酸根这种特殊的情况不一定。而 ...

好的，谢谢sob老师

作者
Author: MaxLDM 时间: 2023-10-31 10:41
你好，请问硫酸根opls力场解决了吗，我也遇到相同的问题

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