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标题: 求助：N2在碳纳米管内的自扩散系数问题 [打印本页]

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Author: 夜夜衣 时间: 2020-4-23 22:43
标题: 求助：N2在碳纳米管内的自扩散系数问题
各位前辈好，我想计算16个N2分子在1x1x12的碳纳米管内（18，0，d=1.4nm）的扩散，但是得到的msd曲线很奇快不是一条斜线，找不到原因希望各位老师解惑，另外gromacs输出的D是这16个分子的平均扩散系数吗？万分感谢！mdp文件在附件中

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Author: sobereva 时间: 2020-4-24 00:12
看看模拟轨迹是否连续，弄清楚是否是因为PBC的原因导致发生突跃。
算的是平均扩散系数

作者
Author: bobosiji 时间: 2020-4-24 09:13
t的时间单位是啥？ns还是ps，fs？msd的呢？

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2020-4-24 10:27

sobereva 发表于 2020-4-24 00:12
看看模拟轨迹是否连续，弄清楚是否是因为PBC的原因导致发生突跃。
算的是平均扩散系数

谢谢老师，轨迹确实有一段很奇怪，刚开始md气体分子是在整个管中运动，但是突然就局限在很小的一个范围内运动，另外tau_t用0.1您看合适吗？

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2020-4-24 10:31

bobosiji 发表于 2020-4-24 09:13
t的时间单位是啥？ns还是ps，fs？msd的呢？

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Author: sobereva 时间: 2020-4-25 02:52
改成Berendsen热浴试试，并且监控温度变化情况

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Author: 夜夜衣 时间: 2020-4-25 21:37

sobereva 发表于 2020-4-25 02:52
改成Berendsen热浴试试，并且监控温度变化情况

谢谢老师！

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