计算化学公社

标题: 为什么MD中用gromacs的gmx rdf命令和vmd算的两个组分之间的配位数不一样 [打印本页]

作者
Author: wgg1181543722 时间: 2020-4-24 02:59
标题: 为什么MD中用gromacs的gmx rdf命令和vmd算的两个组分之间的配位数不一样
本帖最后由 wgg1181543722 于 2020-4-24 13:30 编辑

老师，我算的体系是浸在水中的CNT，选取CNT中的钙离子与氧，求Ca-O之间的配位数，我用gmx算出来的是5。而vmd算出来的是6。而通过vmd动图观察，钙离子全程与6个水结合。为什么算出来的不一样呢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-24 04:17
没具体信息不好说。VMD里你用了动态选区，而gmx rdf你用的是静态选区，考虑这个是否真的能对应上
并且尝试把rdf曲线图作出来进行对比来分析原因

作者
Author: liuyuje714 时间: 2020-4-24 09:23
这明显算的不相同。

作者
Author: wgg1181543722 时间: 2020-4-24 12:40

liuyuje714 发表于 2020-4-24 09:23
这明显算的不相同。

额请问一下。两种算法，我都选取的是相同的物质，怎么不一样了？

作者
Author: wgg1181543722 时间: 2020-4-24 13:00

sobereva 发表于 2020-4-24 04:17
没具体信息不好说。VMD里你用了动态选区，而gmx rdf你用的是静态选区，考虑这个是否真的能对应上
并且尝试 ...

我算的是浸在水中的CNT中的水分子与钙离子，选取的组分都是一样的。我算了CA-OW，CL-OW，CA-CL，OW-OW四种相互作用，刚才对比了一下算出来的结果，rdf是完全重合的，唯一的不同，就是配位数，vmd算出来的要比gmx算出来的大一些。

作者
Author: wgg1181543722 时间: 2020-4-24 13:38
本帖最后由 wgg1181543722 于 2020-4-24 13:44 编辑

sobereva 发表于 2020-4-24 04:17
没具体信息不好说。VMD里你用了动态选区，而gmx rdf你用的是静态选区，考虑这个是否真的能对应上
并且尝试 ...

老师我选取的这部分区域是密封的，CNT内的水分子与钙是不会从里面出来的。这两个选取的区域不都是动态的吗怎么看静态动态

作者
Author: liuyuje714 时间: 2020-4-24 14:37
本帖最后由 liuyuje714 于 2020-4-24 15:09 编辑

你确定你的gmx定义的index弄对了吗？CNT中的水分子你最好用gmx select -on进行选择，并且查看输出的index.ndx中不同时刻的水分子OW编号是否没有变过，即一直在CNT中。还有你说的5或者6是怎么计算得到的也要说一下，因为gmx和vmd好像并没有直接给出配位数是多少。我测试了一下CNT中的水，用gmx和vmd计算得到的一致。

作者
Author: wgg1181543722 时间: 2020-4-24 15:25

liuyuje714 发表于 2020-4-24 14:37
你确定你的gmx定义的index弄对了吗？CNT中的水分子你最好用gmx select -on进行选择，并且查看输出的index.n ...

因为CNT是收尾相连的，管中的水分子是出不来的，index的编号和gro里的是一直对应的也没变，配位数不是算的时候加个-cn就可以了吗

作者
Author: liuyuje714 时间: 2020-4-24 15:44

wgg1181543722 发表于 2020-4-24 15:25
因为CNT是收尾相连的，管中的水分子是出不来的，index的编号和gro里的是一直对应的也没变，配位数不是算 ...

看起来是那个峰高不一致导致的结果不同。我看你这rdf很粗糙啊，体系平衡好了么？帧数足够么？

作者
Author: wgg1181543722 时间: 2020-4-24 16:52

liuyuje714 发表于 2020-4-24 15:44
看起来是那个峰高不一致导致的结果不同。我看你这rdf很粗糙啊，体系平衡好了么？帧数足够么？

是很奇怪，峰的高度不一样，但最高峰的位置是一致的。因为太大了，我选取的是最后30ns，帧数有点少，所以不是很光滑

作者
Author: amani73986 时间: 2021-6-4 12:49
楼主好，我也遇到了一样的问题，用gmx rdf计算出来的配位数总是偏小，请问找到原因了么。谢谢

作者
Author: wgg1181543722 时间: 2021-6-22 22:35

amani73986 发表于 2021-6-4 12:49
楼主好，我也遇到了一样的问题，用gmx rdf计算出来的配位数总是偏小，请问找到原因了么。谢谢

我是弄了半天，我自己整错了，你还是这个问题吗

作者
Author: yl233 时间: 2023-11-3 20:22

wgg1181543722 发表于 2021-6-22 22:35
我是弄了半天，我自己整错了，你还是这个问题吗

你好，请问是什么原因呀，最终选择了哪个呀？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)