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标题: Gview绘制分子结构图时的鬼原子含义？ [打印本页]

作者
Author: lao7 时间: 2015-9-8 18:32
标题: Gview绘制分子结构图时的鬼原子含义？
在实际的大体系计算中，成键的往往是官能团，换句话说，结合能主要取决于大体系中的官能团与化学之间键能。如果计算过程中，把整个大体系（例如蛋白质）拿来计算，计算量的限制，往往不现实。能否大体系中的其他部分用元素Gview周期表中的X 或者Bq鬼原子替代，只保留其他部分官能结构进行计算呢？例如：金属与某一种蛋白质内氨基酸配位反应，把蛋白质其他部分只用X或者Bq表示，参与反应的氨基酸绘制完整。不知道是否可行？(x和Bq代表化学表达式中的R基)。
另外，鬼原子X和Bq有何区别呢？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-9 04:11
用X、Bq达不到你的目的，这是简单介绍：

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要实现你的目的，要么直接把体系简化，截掉多余的；要么考虑周全点，把其它部分的原子用背景电荷表示以体现它们的静电作用；或者用高斯特色的ONIOM来考虑。

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