计算化学公社

标题: win版gaussian16的CPU利用率问题求助 [打印本页]

作者
Author: songxiangan 时间: 2020-4-24 20:13
标题: win版gaussian16的CPU利用率问题求助
大家好，我这个服务器是双路E5 2680v2，20核心，win系统，用的Gaussian16，我一共开了7个任务，每个任务都分配3核心，可是总共CPU利用率还不到40%，这一看就没有高效运行，求助这怎么破？怎么提高CPU运行效率？谢谢大家！

作者
Author: songxiangan 时间: 2020-4-24 20:17
补充一下，6个任务是3核心，一个任务是2核心，一共加起来20

作者
Author: abin 时间: 2020-4-24 20:32
你做DFT计算，还是postHF计算？
如果是后者，请确保运行一个或者两个计算；
如果是前者，做DFT计算，请先修正为偶数核心试试，如果效率没有改善，个人愚见，换用Linux下运行。

Linux下运行，唯一的差别可能在于需要输入 g16 XXX.input.file.YYY & 之类的。
仅供参考。不代表最佳解决方案。(因为我不用win系统，可能推测的原因都是瞎扯蛋)

作者
Author: thanhtam 时间: 2020-4-24 20:35
总共利用率40%是怎么看出来的？建议看看每个核的占用情况

作者
Author: songxiangan 时间: 2020-4-24 20:50

thanhtam 发表于 2020-4-24 20:35
总共利用率40%是怎么看出来的？建议看看每个核的占用情况

谢谢回复，图片不会发奥，我简单说一下，CPU总共利用率不到40%，单个核心看的话，有那么几个是利用率接近100%，但是大部分都很低，有的几乎利用率是0

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-4-24 20:51

songxiangan 发表于 2020-4-24 20:50
谢谢回复，图片不会发奥，我简单说一下，CPU总共利用率不到40%，单个核心看的话，有那么几个是利用率接近 ...

怎么发图看这个帖子

！！！！！计算化学公社新社员必读！！！！！
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 25&fromuid=5840

作者
Author: songxiangan 时间: 2020-4-24 20:52

abin 发表于 2020-4-24 20:32
你做DFT计算，还是postHF计算？
如果是后者，请确保运行一个或者两个计算；
如果是前者，做DFT计算，请 ...

谢谢回复，我是算的TD-DFT，我按照你说的试一下

作者
Author: songxiangan 时间: 2020-4-24 20:56

作者
Author: songxiangan 时间: 2020-4-24 20:57

hebrewsnabla 发表于 2020-4-24 20:51
怎么发图看这个帖子

！！！！！计算化学公社新社员必读！！！！！

谢谢

作者
Author: songxiangan 时间: 2020-4-24 22:00
刚找到了这个，挺好！
http://sobereva.com/392

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-25 00:58

songxiangan 发表于 2020-4-24 20:17
补充一下，6个任务是3核心，一个任务是2核心，一共加起来20

以后要补充什么不要单独发帖，直接在原帖里编辑（除非已经有人回复过当前帖子）

“开了7个任务，每个任务都分配3核心”这种做法纯属瞎折腾。建议最多也就同时开三个，否则会适得其反，资源竞争导致哪个都跑不顺畅。
对于你当前只有20核的情况，开两个每个给10核还算能接受。如果涉及到硬盘大量读写的任务，一次应当只开一个。

作者
Author: abin 时间: 2020-4-25 11:56

songxiangan 发表于 2020-4-24 22:00
刚找到了这个，挺好！
http://sobereva.com/392

我的推荐做法是：
关闭超线程。
开着并不会显著提升性能，关闭也不会显著降低性能。
如果开着，可能会带来不必要的麻烦，
比如，不停问，我这个CPU怎么利用率不高啊，
或者，上来一看，哇40个CPU，然后就来个40个CPU的计算之类的。
所以，还是关闭最简单。

同时推荐，干活的机器就是干活的机器。
随便弄一个n手的Thinkpad，作为计算显示登陆的前端，是最好不过了。

作者
Author: elvisng 时间: 2020-4-26 15:08
原理我也不太懂，但是我的經驗是，cpu 佔用率似乎是考慮了超線程的情況下的佔用率。你把核心數設大一倍（因為線程數是實際核心數的2倍），cpu 佔用率就可以上去100％，但實際上計算速度不會更快（原理可以看sob 關於超線程的文章），所以不用執著100％佔用率的問題。

作者
Author: biogon 时间: 2020-5-18 09:40
用linux，win的高斯效率极低

作者
Author: Peter_zhong 时间: 2020-5-18 16:07

biogon 发表于 2020-5-18 09:40
用linux，win的高斯效率极低

请问g16A WIN版和 g09D Linux版进行同一opt-freq任务有可比性性吗还是说还是g09D Linux版快一些?

作者
Author: biogon 时间: 2020-5-18 19:00

Peter_zhong 发表于 2020-5-18 16:07
请问g16A WIN版和 g09D Linux版进行同一opt-freq任务有可比性性吗还是说还是g09D Linux版快一些?{:l ...

linux起码能快一倍

作者
Author: 天道啊啊 时间: 2020-5-20 11:42
你用CPU-Z查看一下每路CPU的频率，看看是不是有一颗CPU空载的。我手里的双路服务器就很奇怪，两颗24核，共48核96线程，开两个24核的任务算高斯16 windows，系统却把两个任务都塞给了同一个核心，另一个核心频率只有1G，完全处于空载状态，后来进主板BIOS关了超线程技术之后正常了

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-21 07:47

天道啊啊发表于 2020-5-20 11:42
你用CPU-Z查看一下每路CPU的频率，看看是不是有一颗CPU空载的。我手里的双路服务器就很奇怪，两颗24核，共4 ...

G16可以用%cpu明确指定任务在哪些核上执行，此文提了
正确认识超线程(HT)技术对计算化学运算的影响
http://sobereva.com/392

24线程的任务强烈不建议拿G16 Win64跑，效率比linux低太多

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-21 07:51

Peter_zhong 发表于 2020-5-18 16:07
请问g16A WIN版和 g09D Linux版进行同一opt-freq任务有可比性性吗还是说还是g09D Linux版快一些?{:l ...

看具体多少核并行、什么理论方法，没法一概而论
对于4核、普通泛函的opt freq任务，同样版本、同样指令集编译的Gaussian，在windows和Linux下也就差超不过20%。如果是十几核以上的并行跑大任务，windows 64bit版Gaussian相对于Linux版慢到几乎没法用。所以用核多的服务器专门跑任务几乎只能用Linux版

作者
Author: 天道啊啊 时间: 2020-5-22 11:32

sobereva 发表于 2020-5-21 07:47
G16可以用%cpu明确指定任务在哪些核上执行，此文提了
正确认识超线程(HT)技术对计算化学运算的影响
htt ...

谢谢老师，关HT实属无奈，我再装到linux上试试

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)