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标题: 使用GMX进行模拟的时候，并行计算的核数和内存会对最终的结果产生影响吗？ [打印本页]

作者
Author: Alan123 时间: 2020-4-24 21:33
标题: 使用GMX进行模拟的时候，并行计算的核数和内存会对最终的结果产生影响吗？
老师，我最近提交了一个计算，在周期性体系中，观察笼状分子对于离子的包裹行为。我发现如果我提交任务时使用的的核数较大（40核），多次模拟发现离子一般在100ps之后出笼子，但是如果我提交任务的时候使用的核数较小（20核且有别人的任务在计算），多次模拟发现离子一般在100ps之内出笼子，所以我就很疑惑，这两个结果哪个更加可靠？并行计算的核数和所用的内存会不会对MD的结果产生影响呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-25 01:02
这有随机性，原理上和用的核数多少没有必然关系。仔细看此文
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88

作者
Author: Alan123 时间: 2020-4-25 12:40

sobereva 发表于 2020-4-25 01:02
这有随机性，原理上和用的核数多少没有必然关系。仔细看此文
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http:/ ...

嗯嗯好的，谢谢社长

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-4-25 15:42
对收敛的平衡模拟结果是没有影响的
对非平衡模拟可能有影响

作者
Author: Alan123 时间: 2020-4-25 20:53

fhh2626 发表于 2020-4-25 15:42
对收敛的平衡模拟结果是没有影响的
对非平衡模拟可能有影响

谢谢您，我有种恍然大明白的感觉了

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