计算化学公社

标题: gromacs怎样构建配体附近5A内水分子的索引组 [打印本页]

作者
Author: yuyancheng2001 时间: 2020-4-25 21:33
标题: gromacs怎样构建配体附近5A内水分子的索引组
请问使用gromacs, 我在轨迹文件中如何选中配体附近5A内的水分子。

我的蛋白空腔中几个结合水，我认为我的配体能够和结合水形成氢键和蛋白结合。希望能够计算配体以及含有结合水的蛋白之间的结合能。

我想请问如何在轨迹中选中配体5A内的水分子？或者说怎么建配体5A内水分子的索引组？

有帖子建议用trjorder命令，但是说实话手册上内容较少，没有看明白

，大佬求指教

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-26 02:10
举一反三
(, 下载次数 Times of downloads: 28)

(, 下载次数 Times of downloads: 24)

我个人一般习惯用VMD导出特定选区的序号

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)