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标题: 求助使用NBO7计算键级时出现键级数据不合理情况，如何解决？ [打印本页]

作者
Author: 一未命名一 时间: 2020-4-25 23:20
标题: 求助使用NBO7计算键级时出现键级数据不合理情况，如何解决？
各位老师好，我在使用NBO7计算键级时，发现得到的键级数据不合理。我是取分子柔性扫描曲线上，不同点进行的计算。在编辑关键词时是批量替换的，但会出现有的文件可以算出合理结果，而有的不能算出合理结果的情况。
这里是关键词：$nbo archive file=a_1 nrt plot memory=4GB $end

得到的键级数据：
在合理的情况下，计算出的键级数据为：
Natural Bond Order:  (total/covalent/ionic)

   Atom    1    2       3       4       5       6       7       8       9
   ----    ------ ------ ------ ------ ------ ------ ------ ------ ------
1.  P  t 0.5156 1.5062 0.4941 0.5707 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
         c ---    0.5843 0.2548 0.2423 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
         i ---    0.9219 0.2393 0.3284 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000

2.  O  t 1.5062 2.4938 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
         c 0.5843 --- 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
         i 0.9219 --- 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000

但是，在计算时，常出现的我认为是不合理的结果：
Natural Bond Order:  (total/covalent/ionic)

   Atom    1    2       3       4       5       6       7       8       9
   ----    ------ ------ ------ ------ ------ ------ ------ ------ ------

1.  P  t 0.0000 1.0000 1.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
      c    --- 0.3918 0.5234 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
      i    --- 0.6082 0.4766 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000

2.  O  t 1.0000 3.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
      c 0.3918    --- 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
      i 0.6082    ---    0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000

或是：
Natural Bond Order:  (total/covalent/ionic)
   Atom    1    2       3       4       5       6       7       8       9
   ----    ------ ------ ------ ------ ------ ------ ------ ------ ------

1.  P  t 0.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
      c    --- 0.4237 0.3761 0.4820 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
      i    ---    0.5763 0.6239 0.5180 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000

2.  O  t 1.0000 3.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
      c 0.4237    ---    0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
      i 0.5763    --- 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000

出现此类结果时，P-O之间的键级都是1，且在柔性扫描曲线上，取出的点很多都计算不到合理的键级数据，不知道是不是关键词的编辑上存在问题，希望各位老师能够解答，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-26 02:04
用NRT分析之前必须先搞懂NRT算法，否则不可能正确理解数据
涉及到结构显著变化的过程，如果你不特意恰当设置参考Lewis结构，NRT结果的变化往往会是非连续的，在某些结构下还有严重误导性

如果不是非得用NRT键级不可，用Multiwfn算Mayer键级、拉普拉斯键级之类好得多，用着省事，随结构变化也是连续的，参考比如
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471（http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html）

作者
Author: 一未命名一 时间: 2020-4-27 10:36

sobereva 发表于 2020-4-26 02:04
用NRT分析之前必须先搞懂NRT算法，否则不可能正确理解数据
涉及到结构显著变化的过程，如果你不特意恰当设 ...

明白了，谢谢老师

作者
Author: 一未命名一 时间: 2020-5-12 21:08

sobereva 发表于 2020-4-26 02:04
用NRT分析之前必须先搞懂NRT算法，否则不可能正确理解数据
涉及到结构显著变化的过程，如果你不特意恰当设 ...

老师，加入参考结构后，计算的输出文件中有个别出现：
NRTDRV: NRT has no resonance structures
没有键级数据输出，是什么原因呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-13 06:09

一未命名一发表于 2020-5-12 21:08
老师，加入参考结构后，计算的输出文件中有个别出现：
NRTDRV: NRT has no resonance structures
没有 ...

8成是参考结构定义得有问题

作者
Author: 一未命名一 时间: 2020-5-13 20:21

sobereva 发表于 2020-5-13 06:09
8成是参考结构定义得有问题

明白了，谢谢老师，我再改参考结构试试。

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