计算化学公社

标题: 用MS统计通过孔的水分子数目以及水分子在通过孔时的密度,速度分布 [打印本页]

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菲儿菲儿    时间: 2020-4-26 10:16
标题: 用MS统计通过孔的水分子数目以及水分子在通过孔时的密度,速度分布
MS用NVT跑完动力学后,如何统计通过孔的水分子数目以及水分子在通过孔时的密度,速度分布。

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mol    时间: 2020-4-26 11:55
自带的命令实现不了,lz可以把轨迹转换一下,导入vmd写脚本处理
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sobereva    时间: 2020-4-27 00:25
这种事得自己写M$的perl脚本,具体实现看help

更好的做法是如2L所述,导出轨迹做法参考
将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法
http://sobereva.com/143
不过文中的做法不能直接导出速度信息,想导出的话需要修改脚本
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菲儿菲儿    时间: 2020-4-28 18:26
感谢两位老师,请帮我看下下面这个脚本可以用么?
set outfile [open ***.dat w];                                             
set nf [molinfo top get numframes]
   for { set i 1 } { $i<=$nf } { incr i 1} {
         set atom [atomselect top "该分子10A以内的水分子"]   
         $atom  frame  $i
         $atom  update   
         set com  [$atom num]
         puts $outfile "$i  $com"
         }
close $outfile,
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顺利毕业发paper    时间: 2021-6-28 09:48
菲儿菲儿 发表于 2020-4-28 18:26
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你好,请问您知道如何统计个数了吗?




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