计算化学公社

标题: 求助pdb2gmx报错（无法生成有机分子修饰蛋白的拓扑） [打印本页]

作者
Author: liuzejiang 时间: 2020-4-27 19:36
标题: 求助pdb2gmx报错（无法生成有机分子修饰蛋白的拓扑）
本帖最后由 liuzejiang 于 2020-4-28 07:40 编辑

首先感谢论坛的很多大牛指导我学会了非标准残基.rtp的构建，目前已能成功生成有机聚合物的拓扑
但是把有机物和蛋白耦联成一条链丢到pdb2gmx时却报错：
Fatal error:
The residues in the chain PEGh1--ARG57 do not have a consistent type. The
first residue has type 'Other', while residue TYR47 is of type 'Protein'.
Either there is a mistake in your chain, or it includes nonstandard residue
names that have not yet been added to the residuetypes.dat file in the GROMACS
library directory. If there are other molecules such as ligands, they should
not have the same chain ID as the adjacent protein chain since it's a separate
molecule.

我尝试将residuetypes.dat里有机残基PEGh的残基类型定义为Protein，依然提示如上错误，怎么解决这个报错呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-28 07:06
把聚合物和蛋白质分别用pdb2gmx，手动将各自的[moleculetype] include到一个top就完了，没必要把整体的pdb丢给pdb2gmx

作者
Author: liuzejiang 时间: 2020-4-28 07:31
本帖最后由 liuzejiang 于 2020-4-28 07:36 编辑

sobereva 发表于 2020-4-28 07:06
把聚合物和蛋白质分别用pdb2gmx，手动将各自的[moleculetype] include到一个top就完了，没必要把整体的pdb ...

感谢社长！如果聚合物和蛋白存在共价修饰的话，成键的信息也是手动添加到主top里吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-30 07:49

liuzejiang 发表于 2020-4-28 07:31
感谢社长！如果聚合物和蛋白存在共价修饰的话，成键的信息也是手动添加到主top里吗？

我不知道你想怎么填

通常共价键链接的整体当做一个moleculetype看待，但如果觉得不方便，靠[intermolecular_interaction]字段跨越[moleculetype]来添加成键项也可以。

作者
Author: liuzejiang 时间: 2020-5-1 00:22

sobereva 发表于 2020-4-30 07:49
我不知道你想怎么填

通常共价键链接的整体当做一个moleculetype看待，但如果觉得不方便，靠字段跨越[m ...

多谢社长！
按您的指导，把聚合物和蛋白当成一个molecule后成功写好了top

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