计算化学公社

标题: 工作站和超算计算高斯的比较 [打印本页]

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Author: 381911577 时间: 2020-4-27 21:42
标题: 工作站和超算计算高斯的比较
课题组想自己计算高斯ECD或者NMR，是买一个工作站好还是用超算好呢？天然产物专业的，也就发文章的时候没有单晶证明的结构需要计算ECD或者NMR

作者
Author: niobium 时间: 2020-4-27 21:47
肯定自己买机器用起来舒服

作者
Author: monoyu 时间: 2020-4-27 22:37
社长的帖子（http://sobereva.com/444#opennewwindow）最后写得挺明白，按照天天满载跑计算，跟租超算相比，E5-2696 v3双路或3950x单路配置半年即回本儿。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-28 07:07
图便宜的话万把块钱买个XEON v2的机子对你来说就已经够用了
我基本不用超算，自己的机子用着舒服得多，没有乱七八糟限制

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2020-4-28 08:32
如果计算任务要经常进行，买机组是划算的。若两三个月才分出一个需要计算的东西来，建议用超算。

天然产物拟合ECD或NMR时常常需要考虑众多的低能构象（如果天然产物足够复杂的话），所以在很大程度上可以高度并行化，用超算的话，要用的时候可以有很高的峰值性能（比如一两百个构象就可以瞬间调用一两百台机器同时算），不用的时候又不会因为机器闲置而亏的慌。

所以要看的是这个计算需求随时间的变化有多么不平均。

作者
Author: zsu007 时间: 2020-4-28 16:19
可以找专门计算的课题组合作，没有必要什么都自己做！

作者
Author: akber123 时间: 2020-4-28 16:26
ECD和NMR 分子量不超过100的话，其实笔记本都可以算的，实验室的话，买一台性能好点，核数多点的台式机，我觉得完全够用了。建议用TURBOMOLE软件，比高斯速度快好几倍。

作者
Author: 381911577 时间: 2020-4-28 19:13

sobereva 发表于 2020-4-28 07:07
图便宜的话万把块钱买个XEON v2的机子对你来说就已经够用了
我基本不用超算，自己的机子用着舒服得多，没 ...

买机子，自己配置操作起来会不会太复杂？后期的维护这方面会不会也比较麻烦呢？零计算基础

作者
Author: 381911577 时间: 2020-4-28 19:15

liyuanhe211 发表于 2020-4-28 08:32
如果计算任务要经常进行，买机组是划算的。若两三个月才分出一个需要计算的东西来，建议用超算。

天然产 ...

一年大概计算二三十个化合物，课题组的人都没什么计算基础。我们的化合物没有那么复杂，一般最多也不会超过十个构象

作者
Author: 381911577 时间: 2020-4-28 19:16

zsu007 发表于 2020-4-28 16:19
可以找专门计算的课题组合作，没有必要什么都自己做！

高斯操作起来挺简单的，主要就是电脑的配制问题。用超算的话一个化合物也就三四十块钱

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-29 02:33

akber123 发表于 2020-4-28 16:26
ECD和NMR 分子量不超过100的话，其实笔记本都可以算的，实验室的话，买一台性能好点，核数多点的台式机， ...

对于一般研究目的，完全不应该刻意买非主流而且价钱还挺贵的Turbomole，图快用免费的ORCA就完了。Turbomole快主要就是仗着RI做得好，然而ORCA不仅RI做不输于turbomole，对于较大体系杂化泛函用ORCA的RIJCOSX比turbomole的RIJK更快。（说Turbomole有多块多快因此值得购买，这都是老黄历了，缺乏和当今主流程序的对比）

另外“某个程序比某个程序快几倍”这种说法说的时候要相当谨慎，必须说清楚算什么、怎么算、什么计算级别。诸如在做振动分析方面绝对没有哪个程序敢说能比Gaussian快几倍，除非对比的方式非常不公正

另外，对计算化学的人来说，没有人说“分子量”，因为这毫无意义，就算不说化学组成至少也应该说原子数（假定是有机体系）。一个苯分子的分子量都有78，局限在分子量<100，能算什么实际体系？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-29 02:35

381911577 发表于 2020-4-28 19:13
买机子，自己配置操作起来会不会太复杂？后期的维护这方面会不会也比较麻烦呢？零计算基础

这点事对于搞计算化学的人来说（除非是那些脑子不灵光还误入计算化学坑的人）太easy了，更何况如今网络资源这么发达，学习资源一大把，什么问题一google基本都能找到解决办法

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Author: akber123 时间: 2020-4-29 08:27

sobereva 发表于 2020-4-29 02:33
对于一般研究目的，完全不应该刻意买非主流而且价钱还挺贵的Turbomole，图快用免费的ORCA就完了。Turbomo ...

嗯，感谢你的建议。我想说的原子数不大于100，写错了。我以后看看ORCA， ORCA真没用过。我就是算ECD的，之前尝试过高斯，不知道当时刚试着用高斯，DFT, B3LYP, 6-31G一个结构2天都优化不成功。后来换了TURBOMOLE，半天做出来了。可能我对高斯不熟练的原因，不过从此相比高斯我就更喜欢上TURBOMOLE了。而且我们单位也只有TURBOMOLE有版权，用高斯担心写文章的时候版权问题。
另一方面，高斯做的特别好的一个地方，我觉得是不管遇到什么问题，在网上或者公社能找到相应的解决方案。turbomole使用人群有限，遇到问题，没那么好找答案，有点折腾人。

作者
Author: zsu007 时间: 2020-4-29 09:20

381911577 发表于 2020-4-28 19:15
一年大概计算二三十个化合物，课题组的人都没什么计算基础。我们的化合物没有那么复杂，一般最多也不会超 ...

一年三十个化合物，这个真的不多。如果化合物是多环刚性的结构，则构象不多，再加上分子中的原子数不超过100的话，则计算量真的不大，可以合作。需要的话，请站内短息联系。

作者
Author: 381911577 时间: 2020-4-29 12:43

sobereva 发表于 2020-4-29 02:35
这点事对于搞计算化学的人来说（除非是那些脑子不灵光还误入计算化学坑的人）太easy了，更何况如今网络资 ...

我们平时的不怎么接触量子化学，大家都没有这方面的基础

作者
Author: abin 时间: 2020-4-29 21:47

381911577 发表于 2020-4-28 19:13
买机子，自己配置操作起来会不会太复杂？后期的维护这方面会不会也比较麻烦呢？零计算基础

我有一套方案，
只要你的机器能浏览器打开百度，
我就可以登录你的机器，比如部署软件，维护系统啥的。
不需要你的机器具有固定IP之类的。
只要求，机器默认开启了SSH，系统默认都开启的。
并且你实现提供root密码给我。

如有类似需求，可以联系我。
联系方式看签名。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-30 07:24

akber123 发表于 2020-4-29 08:27
嗯，感谢你的建议。我想说的原子数不大于100，写错了。我以后看看ORCA， ORCA真没用过。我就是算ECD的 ...

6-31G不带极化函数不可能拿来发文章，属于没有基组选用常识的表现
“不成功”这种描述太含糊，必须看输出文件弄清楚原因才能评价程序。
几何优化方面没有哪个程序敢说算法做得比Gaussian更好。几何优化的稳健性是Gaussian屹立不倒的重要资本之一。
Turbomole发展历史也很长了，之所以Gaussian用户是Turbomole十倍以上（本论坛的各种量化程序用户数统计见http://bbs.keinsci.com/thread-10100-1-1.html），很大程度上在于Gaussian对做应用性研究的人，在最常用功能方面做得很好用、非常稳。

通常来说，搞量化的人是以Gaussian为主，对于Gaussian不擅长、做不了的再以ORCA、Molpro、Molcas、GAMESS-US等作为补充。在ORCA兴起之后，Turbomole在我看来购买意义真是没什么，对于搞应用的人来说也就RI-CC2算激发态方面还有价值。

作者
Author: akber123 时间: 2020-4-30 13:56

sobereva 发表于 2020-4-30 07:24
6-31G不带极化函数不可能拿来发文章，属于没有基组选用常识的表现
“不成功”这种描述太含糊，必须看输 ...

非常感谢你的评论，学习了很多。我后面找机会再学一学高斯。

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