计算化学公社

标题: ORCA中SMD的CPCM疑似存在bug [打印本页]

作者
Author: linq5203 时间: 2020-4-28 12:04
标题: ORCA中SMD的CPCM疑似存在bug
本帖最后由 linq5203 于 2020-4-30 14:28 编辑

我对一批同系物使用M062X/6-31G*级别靠SMD计算溶解自由能时，发现ORCA对其中一个物质在正辛醇中溶解自由能的计算有问题。（ORCA好像不支持M052X）对于同系物，溶解自由能一般是规律性变化的，但这批中的同系物N算的溶解自由能和前后的N-1，N+1相比，出现了波动。检查property.txt文件，发现N-1，N，N+1的dielectric energy部分存在波动。又使用ORCA的CPCM和G09 D.01的SMD算了溶解自由能，发现合情合理地表现出规律性。下表标1的是ORCA的SMD算的，标2的是ORCA的CPCM算的，标3的是G09 D.01的SMD算的，自由能为了与实验对比+1.89。（感谢sob老师的提醒）
(, 下载次数 Times of downloads: 18)
由此可见，确实是在SMD中CPCM部分偶发问题。（不过对比格点数据，ORCA的格点数量和质量都比Gaussian差不少，难说对于其他体系会不会出现大问题。）
另外后来用ORCA又跑了另一批同系物，没有出现这个问题。所以这个问题可能只在极特殊的情况下出现。
目前主要问题是对于少见的这种程序问题，该怎么给实验工作者或审稿人说明。

作者
Author: plus 时间: 2020-4-28 13:48
建议发到ORCA论坛或者给Frank Neese写信

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-29 02:09
表格里每一项是什么含义都应当详细说明，否则理解起来很累

CPCM本来就和Gaussian默认的IEFPCM形式差异很大，所以不能指望能够很好重现Gaussian的溶解自由能的结果。并且还需要把情况具体分析，看到底是极性部分带来的差异还是非极性部分就有所不同。

作者
Author: linq5203 时间: 2020-4-29 09:49

sobereva 发表于 2020-4-29 02:09
表格里每一项是什么含义都应当详细说明，否则理解起来很累

CPCM本来就和Gaussian默认的IEFPCM形式差异很 ...

感谢sob老师的提醒，已经改正

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-30 07:14
如果你的计算方式合理，那么按理说应当是ORCA的SMD的非极性部分比较诡异。
按理说ORCA和Gaussian的SMD的非极性部分应该是一样，应当对比一下看看是否有显著差别

作者
Author: linq5203 时间: 2020-4-30 14:26

sobereva 发表于 2020-4-30 07:14
如果你的计算方式合理，那么按理说应当是ORCA的SMD的非极性部分比较诡异。
按理说ORCA和Gaussian的SMD的非 ...

加入了非极性部分的对比，确实是就这一个结构的SMD中的CPCM的极性部分出现问题

作者
Author: JCenter 时间: 2023-9-12 22:40

sobereva 发表于 2020-4-30 07:14
如果你的计算方式合理，那么按理说应当是ORCA的SMD的非极性部分比较诡异。
按理说ORCA和Gaussian的SMD的非 ...

老师，想请教您几个疑问：1.ORCA中SMD溶剂化模型及算完单点后，输出文件中的SMD CDS free energy correction energy是不是对应着溶剂对溶质的非静电或者叫非极性部分的能量贡献。2，极性部分的贡献是不是通过用SMD溶剂模型下的单点能减去真空下的单点能得到一个总的溶剂化能量，再用这个能量再减去上述的非极性部分，即可得到极性部分（静电部分），我看了ORCA中的手册，貌似输出文件没有直接给出极性部分的能量。3.溶剂化能，极性部分和非极性部分的值均为正代表什么物理意义呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-12 22:50

JCenter 发表于 2023-9-12 22:40
老师，想请教您几个疑问：1.ORCA中SMD溶剂化模型及算完单点后，输出文件中的SMD CDS free energy correct ...

随便找个简单体系，用HF/def2-SVP对比一下两个程序SMD的输出便知，如果能找到和Gaussian输出的非极性部分的数值差不多的量自然就是那个了

作者
Author: LiHuaYu 时间: 2023-9-13 09:17
Orca 存在数百万个错误，从溶剂化模型实现（SMD、CPCM 等）到激发态（TDDFT、CASSCF 等）以及与 DLPNO-CCSD 方法相关的其他内容。即使是简单的 HF 实现在非平衡距离上也存在一些错误，因此 CCSD(T) 。我们对 ORCA 进行了很多基准测试，并且始终避免使用 ORCA 进行实际计算。到目前为止只使用了EDS模块，但似乎也不好。

所以：使用 GAUSSIAN 进行研究，使用 MOLCAS 和 MOLPRO 进行多参考计算，远离 ORCA

Google Translate may be not good, sorry.

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)