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标题: 分子动力学模拟中簇分析问题求助 [打印本页]

作者
Author: weiyi8061225 时间: 2020-4-28 17:13
标题: 分子动力学模拟中簇分析问题求助
在模拟中想看一下分子的折叠情况，分子大概4个吡啶环通过碳链连接，用RMSD不能区分出不同的折叠状态，想问一下大家有没有文章中提到的过可以用分子的坐标啥的来进行簇分析的方法，可以对小分子进行簇分析的，非常感谢各位！

作者
Author: mol 时间: 2020-4-28 19:23
楼主可以参考一下gmx cluster命令

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-29 01:59
这种簇分析太常见了，而且原理也很简单。可以直接用gmx cluster，如果由于格式角度不方便用，自己写个程序写个实现比如基于gromos算法的簇分析程序也非常容易

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