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标题: amber 小分子gaff力场leap时出错 [打印本页]

作者
Author: hyr95 时间: 2020-4-28 23:42
标题: amber 小分子gaff力场leap时出错
我做的小分子atp的gaff力场，用的resp电荷，但是为什么tleap的时候出现如下报错？这是为什么？如何解决？
Error: Could not find bond parameter for: OH - N
Building angle parameters.

Error: Could not find angle parameter: HO - OH - N

Error: Could not find angle parameter: OH - N - H

Error: Could not find angle parameter: OH - N - CQ

Error: Could not find angle parameter: C - OH - N
Building proper torsion parameters.

Error:  ** No torsion terms for  HO-OH-N-H

Error:  ** No torsion terms for  HO-OH-N-CQ

Error:  ** No torsion terms for  OH-N-CQ-NC

Error:  ** No torsion terms for  OH-N-CQ-CB

Error:  ** No torsion terms for  C-OH-N-H

Error:  ** No torsion terms for  C-OH-N-CQ

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-29 01:56
确保已经正确加载了GAFF力场的相关文件leaprc.gaff

作者
Author: hyr95 时间: 2020-4-29 16:49
老师，已经加载了source leaprc.gaff

作者
Author: hyr95 时间: 2020-4-29 18:04

sobereva 发表于 2020-4-29 01:56
确保已经正确加载了GAFF力场的相关文件leaprc.gaff

这是加载的tleap,之前不加atp可以生成prmtop和inpcrd文件，加了atp的参数就出现了我贴出来的报错
tleap
source leaprc.pretein.ff14SB
source leaprc.gaff
source leaprc.water.tip3p
loadAmberPrep atp.prepin
loadAmberPrep s.prepin
loadAmberPrep t.prepin
loadAmberPrep b.prepin
loadAmberParams frcmod2.atp
loadAmberParams frcmod1.atp
loadAmberParams frcmod2.s
loadAmberParams frcmod1.s
loadAmberParams frcmod2.t
loadAmberParams frcmod1.t
loadAmberParams frcmod2.b
loadAmberParams frcmod1.b
mol = loadpdb 1_H.pdb
solvatebox mol TIP3PBOX 8
addions mol Na+ 0
saveamberparm mol 1.prmtop 1.inpcrd

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-30 07:32

hyr95 发表于 2020-4-29 18:04
这是加载的tleap,之前不加atp可以生成prmtop和inpcrd文件，加了atp的参数就出现了我贴出来的报错
tleap
...

GAFF的原子类型都是小写。用desc检查检查ATP里的原子类型到底用的是AMBER的还是GAFF的
另外，不存在叫leaprc.pretein.ff14SB的文件，应当是leaprc.protein.ff14SB

作者
Author: hyr95 时间: 2020-5-14 18:05
好的，我试试，谢谢老师

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