计算化学公社

标题: 求助~溴Br基组选择问题 [打印本页]

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Author: Somnus荣小荣 时间: 2020-4-29 09:14
标题: 求助~溴Br基组选择问题
老师好，想求助一下，最近在算一个包含C,H,O,S.Br原子的小分子体系，老师让使用M062x方法和6-311++G（3df，3pd）基组（该基组很恶心，但是我老师让用没办法），我在EMSL上发现对Br原子没有该基组，但是在高斯手册了这个基组似乎又是对Br适用的，老师请问一下这种情况是怎么回事儿呢，后面看了一些文献，发现对Br好像很多人用aug-cc-PVnZ一类的，

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Author: Somnus荣小荣 时间: 2020-4-29 09:15
这个体系是计算反应机制的

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Author: sobereva 时间: 2020-4-29 09:56
有别人回复之前，要补充的内容不要在回帖里补充，应当直接编辑原帖

对于不少元素，尤其是周期靠后的，Pople系列基组在不同场合（数据库、程序）的地方往往有所不同，跟元素有关。仔细看程序手册里基组部分引用的原文

没有前提条件下，随便给Br用aug-cc-pVnZ在很多情况下都是显著不合理的行为

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Author: wxhwbh 时间: 2020-4-29 09:58
我觉得适合用什么基组就用什么，老师不同意就拿相关的文章去说服他，不然用到不好的基组拿到不好的结果最后还是自己吃亏

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Author: Somnus荣小荣 时间: 2020-4-29 10:30

sobereva 发表于 2020-4-29 09:56
有别人回复之前，要补充的内容不要在回帖里补充，应当直接编辑原帖

对于不少元素，尤其是周期靠后的，Po ...

下次注意，好的谢谢老师，那我看一下高斯手册里的基组部分。

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Author: Somnus荣小荣 时间: 2020-4-29 10:30

wxhwbh 发表于 2020-4-29 09:58
我觉得适合用什么基组就用什么，老师不同意就拿相关的文章去说服他，不然用到不好的基组拿到不好的结果最后 ...

嗯嗯谢谢您

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Author: AndrewX 时间: 2022-3-28 02:15
我也遇到了类似的问题，目前在算铀酰与溴代苯甲酸的配合物体系，导师非要我对有机原子都用6-311++G**基组（对铀用SDD），现在在算溴原子转移的过渡态总是报错l9999（不震荡），拿相应的算好的氟转移过渡态结构将氟替换为溴来做初猜，依然几何不收敛且不震荡，在考虑要不要换基组，可是要是重算的话工作量有点大，想确认一下是不是基组的问题，或者是我摆的结构有问题?还想知道题主后面是如何处理的呢？
PS:已算出的氟原子转移过渡态和失败的溴原子转移过渡态文件在附件中。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-28 03:16

AndrewX 发表于 2022-3-27 19:15
我也遇到了类似的问题，目前在算铀酰与溴代苯甲酸的配合物体系，导师非要我对有机原子都用6-311++G**基组（ ...

首先，优化不出来过渡态未必是错的，有可能过渡态根本不存在，这个反应可能是无垒反应。建议做一个柔性扫描，确认这个反应是不是无垒反应，如果扫描曲线上没有势垒，就是无垒反应；如果扫描曲线上有势垒，那么扫描曲线最高点一般是很好的过渡态初猜。

作者
Author: AndrewX 时间: 2022-3-28 16:05

wzkchem5 发表于 2022-3-28 03:16
首先，优化不出来过渡态未必是错的，有可能过渡态根本不存在，这个反应可能是无垒反应。建议做一个柔性扫 ...

谢谢老师的解答，请问我用B3LYP/6-31+G*扫描苯环上的溴原子从碳到铀之间的距离变化合适吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-28 16:29

AndrewX 发表于 2022-3-28 09:05
谢谢老师的解答，请问我用B3LYP/6-31+G*扫描苯环上的溴原子从碳到铀之间的距离变化合适吗？

首先U必须用SDD，溴也可以考虑用SDD。
其次因为你其他计算是用6-311++G**做的（其实6-311+G**就够了，但是用6-311而非6-31这一点是合理的），所以这里用6-31+G*扫描只能作为初步结果，如果你报道的任何结论依赖这个扫描结果，那么这个扫描都必须用和结构优化一样的级别扫描

作者
Author: AndrewX 时间: 2022-3-28 20:00

wzkchem5 发表于 2022-3-28 16:29
首先U必须用SDD，溴也可以考虑用SDD。
其次因为你其他计算是用6-311++G**做的（其实6-311+G**就够了，但 ...

好的，谢谢老师，这里柔性扫描用6-31+G*主要是想看下有没有势垒，有的话再用来做过渡态初猜

作者
Author: AndrewX 时间: 2022-4-3 00:15

wzkchem5 发表于 2022-3-28 16:29
首先U必须用SDD，溴也可以考虑用SDD。
其次因为你其他计算是用6-311++G**做的（其实6-311+G**就够了，但 ...

老师您好，我做了柔性扫描，输入和输出放在附件中了，能麻烦您帮忙判断一下是否存在溴转移反应势垒吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-4-3 00:56

AndrewX 发表于 2022-4-2 17:15
老师您好，我做了柔性扫描，输入和输出放在附件中了，能麻烦您帮忙判断一下是否存在溴转移反应势垒吗？

这种问题自己就能看，在确定你扫描的键长范围足够宽的前提下，扫描曲线的最高点在端点就是没有势垒，否则就是有势垒。

作者
Author: AndrewX 时间: 2022-4-3 09:35

wzkchem5 发表于 2022-4-3 00:56
这种问题自己就能看，在确定你扫描的键长范围足够宽的前提下，扫描曲线的最高点在端点就是没有势垒，否则 ...

嗯嗯，我看着也觉得是没有势垒的，主要是想麻烦老师帮忙判断一下扫描的结构以及设置的参数是否合理。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-4-3 15:26

AndrewX 发表于 2022-4-3 02:35
嗯嗯，我看着也觉得是没有势垒的，主要是想麻烦老师帮忙判断一下扫描的结构以及设置的参数是否合理。

首先一个问题，你苯环上有一个自由基对吧？那样的话必须用broken symmetry初猜，这样才能得到开壳层单重态解，直接把自旋多重度设成1是不够的。或者先像你现在这么做再做stable=opt也行。现在的结果是不能用的。参见http://sobereva.com/82
另外一个次要一点的问题是B3LYP大概率不适合算这个体系（除非有文献证明适合）。参见http://sobereva.com/272

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Author: JosephZhang 时间: 2024-3-8 11:07
本帖最后由 JosephZhang 于 2024-3-8 15:28 编辑

我刚接触量子化学计算仅几个月的时间，是新手，目前也遇到相似的问题。我计划使用Gaussian16软件与DFT方法，对两个含有C、H、O、Br原子的含溴大分子有机物分别进行分解路径的理论计算（体系中均有50+个原子），该计算的目的是与实验结合，对主要存在的含溴分解产物进行互相印证。服务器上（linux）可供我使用的计算资源在100个核心左右（由于需要计算的路径比较多，我打算把这些资源分4份，最多32个核心为1组，同时进行4个任务的计算），主要的计算任务包括键解离能、opt+freq结构优化、opt+freq寻找过渡态，以及在找到过渡态的基础上跑IRC。
前期与师兄和导师讨论后，泛函打算选用M06-2X，但是在基组选择上我十分犹豫（已经阅读过卢老师写的关于基组选择、弥散函数的帖子），导师让我使用同一个基组做所有计算（即不使用其他基组算单点能），并且提到了def系列基组，但师兄建议我用pople系列基组就足够，面对上述信息我一直无法拿定主意，之前选用了6-311G（d，p）基组开展了一部分计算，现有以下几个问题想要请教各位老师：
1.我有重算的念头，但是又因为不确定选用的基组是否合适，不舍得放弃之前算完得到的结果，6-311G（d，p）基组不加弥散函数算我这两个含溴体系合适吗？是否需要加上弥散函数，变为6-311G+（d，p）重算？
2.如果一定重算，以我现有的背景与资源，直接使用def系列的def2-TZVP基组是否恰当？需要给该基组加弥散函数吗？
3.之后我很可能还要结合实验，计算金属与金属氧化物（如Cu、Sn、K2CO3等）对上述两种大分子含溴有机物分解路径的影响，此时体系内原子数预计将显著增加，在对金属使用赝势基组后，再对其他原子（包括Br）使用何种基组更合适？不带弥散函数的pople系列基组是否够用？另外，根据文献调研的结果，含溴大分子在金属及金属氧化物表面很可能存在吸附、电子转移等现象，若使用Gaussian16软件来计算，是不是需要在计算过渡态的基础上，再结合Multiwfn软件才能对电子转移现象进行具体分析，具体应该要算哪些内容？
感谢各位老师不吝赐教！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-3-8 15:05

JosephZhang 发表于 2024-3-8 04:07
我刚接触量子化学计算仅几个月的时间，是新手，目前也遇到相似的问题。我计划使用Gaussian16软件对两个含有 ...

你导师的意思应该是，在用了def系列基组的前提下，单点能不需要加大基组。你师兄的意思应该是，结构优化用pople基组就足够了。但不是说你可以用pople基组算单点能。
仅当涉及负电荷比较集中的负离子，例如溴负离子时，才需要加弥散。单知道体系含溴，不足以判断是否需要加弥散函数。

作者
Author: JosephZhang 时间: 2024-3-8 15:27

wzkchem5 发表于 2024-3-8 15:05
你导师的意思应该是，在用了def系列基组的前提下，单点能不需要加大基组。你师兄的意思应该是，结构优化 ...

谢谢老师的回复，我计算过程中使用的是DFT方法，溴的部分只涉及含溴有机物与含溴自由基，在这样的背景下，是不是不再需要给基组加弥散函数了？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-3-8 15:43

JosephZhang 发表于 2024-3-8 08:27
谢谢老师的回复，我计算过程中使用的是DFT方法，溴的部分只涉及含溴有机物与含溴自由基，在这样的背景下 ...

如果其他原子也没有带显著负电荷的（例如氧负离子），那么不需要加

作者
Author: JosephZhang 时间: 2024-3-8 15:56

wzkchem5 发表于 2024-3-8 15:43
如果其他原子也没有带显著负电荷的（例如氧负离子），那么不需要加

好的，感谢老师的解答

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