计算化学公社

标题: 两个分子相互作用能的计算过程求助 [打印本页]

作者
Author: 三三33 时间: 2020-4-29 16:36
标题: 两个分子相互作用能的计算过程求助
老师们好，我目前想要计算A分子和B分子的相互作用能。目前所用的方法不知道可不可行，麻烦老师们帮我查看一下。1.首先用molclus做初始构象，得到了相对能量为0最稳定构象。
2.接下来将这个最稳定构象取出来用DFT进行结构优化。所用基组和方法为：# ωB97X-D/6-311+G** counterpoise=2
3.查看输出文件，用两个单体在自己基组下的能量和减去校正后的整体能量来求得相互作用能。请问老师们这种计算方法可行吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-30 06:37
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“相互作用能的计算”改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-30 06:40
优化绝对不要带counterpoise，这里明确说了
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
拿优化完的结构算结合能的时候才适合用counterpoise

Gaussian里那个泛函是wB97XD，没有横杠

如果体系比较大机子也不是很好，而且又不是阴离子体系，优化期间建议去掉弥散函数，因为意义不大

根本就不需要自己做相减的过程，counterpoise任务最后直接就给你考虑BSSE问题的结合能了，上面的博文已经说了

作者
Author: 三三33 时间: 2020-4-30 09:12

sobereva 发表于 2020-4-30 06:40
优化绝对不要带counterpoise，这里明确说了
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46

谢谢老师，您的意思是第一步结构优化的时候只加关键词#p opt wb97xd/6-311g(d,p)，第二步用优化后的结构算counterpoise任务，关键词#p wb97xd/6-311g(d,p) counterpoise=2，就可以了吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-1 02:57

三三33 发表于 2020-4-30 09:12
谢谢老师，您的意思是第一步结构优化的时候只加关键词#p opt wb97xd/6-311g(d,p)，第二步用优化后的结构 ...

是
但算能量的时候建议用更大的基组，比如6-311+G(2d,p)

作者
Author: 三三33 时间: 2020-5-1 10:24

sobereva 发表于 2020-5-1 02:57
是
但算能量的时候建议用更大的基组，比如6-311+G(2d,p)

知道了，谢谢老师

作者
Author: xxzj 时间: 2020-12-10 11:10

sobereva 发表于 2020-4-30 06:40
优化绝对不要带counterpoise，这里明确说了
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46

老师，我研究的是有机太阳能电池，然后用势能面扫描的方法得到二聚体的稳定构型，但是审稿人说需要计算相互作用能才能更准确得到哪个构型最稳定，想请问老师，这种情况下相互作用能如何计算，然后计算后是能量越低越稳定吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-10 12:06

xxzj 发表于 2020-12-10 11:10
老师，我研究的是有机太阳能电池，然后用势能面扫描的方法得到二聚体的稳定构型，但是审稿人说需要计算相 ...

你的分子有多大？用的量化软件是什么？是溶剂里的反应吗？溶剂是什么？

作者
Author: xxzj 时间: 2020-12-10 14:12

wzkchem5 发表于 2020-12-10 12:06
你的分子有多大？用的量化软件是什么？是溶剂里的反应吗？溶剂是什么？

老师，分子大约300个，用的软件是g16,不是溶剂里的反应

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-10 16:56

xxzj 发表于 2020-12-10 14:12
老师，分子大约300个，用的软件是g16,不是溶剂里的反应

你势能面扫描的理论级别是什么？

作者
Author: xxzj 时间: 2020-12-10 18:43

wzkchem5 发表于 2020-12-10 16:56
你势能面扫描的理论级别是什么？

老师是cam-b3lyp/6-31g(d) empiricaldispersion=gd3bj

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-10 19:22

xxzj 发表于 2020-12-10 11:10
老师，我研究的是有机太阳能电池，然后用势能面扫描的方法得到二聚体的稳定构型，但是审稿人说需要计算相 ...

二聚体稳定构型通常不是靠扫描得到的，怎么考虑仔细看
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

这么大体系（如果单体300个原子，加起来约600个原子），建议molclus调用xtb通过GFN-xTB做优化寻找可能合理的结构，之后ORCA里用B97-3c算单点
用cam-b3lyp-D3(BJ)算弱相互作用莫名其妙，比B3LYP-D3(BJ)更差，耗时还明显更高

作者
Author: xxzj 时间: 2020-12-11 08:38

sobereva 发表于 2020-12-10 19:22
二聚体稳定构型通常不是靠扫描得到的，怎么考虑仔细看
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构 ...

知道啦，谢谢老师

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