计算化学公社

标题: 求助购买10万以内工作站做分子动力学模拟的配置 [打印本页]

作者
Author: hhhnano 时间: 2020-4-30 16:16
标题: 求助购买10万以内工作站做分子动力学模拟的配置
大家好，最近想购买1台工作站，做分子动力学模拟，主要软件用gromacs, NAMD,Amber 等，做酶的模拟，原子数3万-6万。
预算在10万以内。
看到论坛里面SOB老师的文章-计算化学购机配置推荐，http://sobereva.com/444，其中5 顶级量化计算用双路服务器推荐配置，应该是很好的配置，
如果再加+GPU加速，再选一块显卡GTX1080Ti就可以？是否主板和其他配置都要相应调整？还是兼容的？

5 顶级量化计算用双路服务器推荐配置

CPU：2* XEON Platinum 8173M（28核2.0G，全核睿频到2.7G，散，无集显）2*9000
散热器：2*捷豹LGA3647散热器  2*260
主板：超微X11DAI-N（C621芯片组，集显） 3200
机械硬盘：希捷ST4000NM0033企业级4TB SATA 480
固态硬盘：PM981A 1TB 1030
内存：12*三星DDR4-2666 ECC 16GB  12*530
电源：海韵S12II-620（额定620W）或台达NX650（额定650W）皆530
机箱：先马黑洞玻璃版 330
键盘鼠标：罗技MK200 多媒体套装  85

在学校网上商城查询到一个戴尔塔式工作站，配置如下：
戴尔（DELL）T7910 塔式工作站 T7910/2*E5-2650V4 2.2G（12C/24T）/4x16GB DDR4 ECC/256G 2.5 SATA SSD+2T 7.2K 3.5 SATA/P5000 16GB/DVDRW/1300W
报价：51,480.00，不知这个工作站与SOB老师推荐相比，计算性能如何？报价是否合理？

如果酶分子在5万左右，每天能算10ns吗？现在实验室有台电脑，配置如下：
Intel(R) Core(TM) i7-4790 CPU @ 3.60GHz
CPU(s):             8
On-line CPU(s) list: 0-7
Thread(s) per core: 2
Core(s) per socket: 4
Socket(s):

这台电脑带GPU加速，NamdMOPAC 算QM/MM，2天才算1ns，做RAMD，带GPU加速算了3天，才算了100万步，共算1千万步，岂不要算30天？
还有单个工作站能多节点吗？
非常感谢！

作者
Author: biogon 时间: 2020-4-30 21:02
品牌整机毫无性价比，除非买不了组装机甭看那些玩意
要gpu加速买2080ti

作者
Author: hhhnano 时间: 2020-4-30 21:47
谢谢，我正考虑买组装机，按照SOB老师的建议，应该可以买2台。

作者
Author: abin 时间: 2020-4-30 23:01

hhhnano 发表于 2020-4-30 21:47
谢谢，我正考虑买组装机，按照SOB老师的建议，应该可以买2台。

我目前是两台机器，
万兆光纤互联，
slurm调度。

计算批量放上去。
从不用关心在哪台机器上跑。
因为slurm调度自动处理。

十分便捷。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-1 02:12
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。并且，如果没有特殊情况，不要在标题里用叹号，否则显得有攻击性。我已把你的不恰当标题“购买工作站10万以内配置！”改了，以后务必注意

跑MD的机子CPU用那么好纯粹是浪费（除非你是QM/MM还牵扯到大量CPU运算部分）。10万块钱都能买5台配2080Ti的机子了。
Dell那种东西纯粹是人傻钱多速来，又贵得离谱性能又超垃圾。

作者
Author: hhhnano 时间: 2020-5-1 10:45
非常感谢SOB老师的指导，下次发帖一定注意。
我这就按照SOB老师的建议，去询价。
我这做酶主要是QM/MM，买电脑剩余的钱买正版软件。

作者
Author: ls1248 时间: 2020-5-26 02:07
钱多就是好啊，看着你们的分子都好大，我也想弄一个自己的小型服务器，看了你们弄的都好贵啊，没有专门的预算还真买不了

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