计算化学公社

标题: 请问如何用vmd得到MD过程中键长变化？ [打印本页]
作者
Author: lei234    时间: 2020-5-4 01:03
标题: 请问如何用vmd得到MD过程中键长变化？
已将MD计算产生的XDATCAR文件转换为pdb文件，可在vmd中打开观看。现需要得到MD中某一键长变化情况，请问VMD能否实现？该如何操作？请大神赐教！
作者
Author: snljty    时间: 2020-5-4 08:30
如果不考虑pbc，假设两个原子分别是index 0 和index 3。
  1. set nframes [molinfo top get numframes]
  2. set sel1 [atomselect top {index 0}]
  3. set sel2 [atomselect top {index 3}]
  4. set ofile [open [$sel1 list]_[$sel2 list]_distance.txt w]
  5. for {set i 0} {$i < $nframes} {incr i} {
  6.   animate goto $i
  7.   puts $ofile [measure bond "[$sel1 list] [$sel2 list]"]
  8. }
  9. close $ofile
复制代码

然后结果会被输出到0_3_distance.txt
作者
Author: lei234    时间: 2020-5-5 01:26
snljty 发表于 2020-5-4 08:30
如果不考虑pbc，假设两个原子分别是index 0 和index 3。

然后结果会被输出到0_3_distance.txt

非常感谢您的回复！
请问这是一个脚本吗？还是在VMD里面输入的？要怎么用呢？不是很明白，麻烦您可以再详细解释下吗？感谢！
作者
Author: sobereva    时间: 2020-5-5 07:43
按键盘上的2，点击两个原子进行标记，然后
(, 下载次数 Times of downloads: 79)

点save可以导出数据
作者
Author: lei234    时间: 2020-5-5 09:35
sobereva 发表于 2020-5-5 07:43
按键盘上的2，点击两个原子进行标记，然后

请问老师，是导入XDATCAR的pdb文件吗？我点graph没有出来您图片绿色的图呢？点save也没有反应，感觉不对呢。。
作者
Author: lei234    时间: 2020-5-5 09:40
sobereva 发表于 2020-5-5 07:43
按键盘上的2，点击两个原子进行标记，然后

老师，有了。抱歉，我没有在label的框框里点选中的原子。还有个问题，就是我的结构是周期性结构，目前的胞里没有显示出整个分子，我想要看的键长正好没有显示出来，有什么办法吗？还是只能扩了胞再跑呢？非常感谢您！
作者
Author: lei234    时间: 2020-5-5 11:29
sobereva 发表于 2020-5-5 07:43
按键盘上的2，点击两个原子进行标记，然后

我觉得主要问题是只显示了单胞内的原子，如果恶意显示单胞外的应该就可以了，请问可以让vmd显示单胞外的原子吗？
作者
Author: sobereva    时间: 2020-5-6 08:55
lei234 发表于 2020-5-5 11:29
我觉得主要问题是只显示了单胞内的原子，如果恶意显示单胞外的应该就可以了，请问可以让vmd显示单胞外的 ...

(, 下载次数 Times of downloads: 50)
作者
Author: lei234    时间: 2020-5-6 11:42
sobereva 发表于 2020-5-6 08:55

太好啦！非常感谢您！！！
作者
Author: LLYYTT    时间: 2022-4-13 17:49
请问怎么将XDATCAR转换成PDB格式呀，在网上只有转换成xyz格式用VMD看的，但原子位置都不对了
作者
Author: 孔越华    时间: 2023-11-5 20:43
老师您好，请问，如果原子在周期之间移动，即考虑周期性的情况下，怎么处理轨迹的键长键角信息呢@snljty



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