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标题: GFN-FF力场文章出来了 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-5 14:40
标题: GFN-FF力场文章出来了
Sebastian Spicher and Stefan Grimme
Robust atomistic modeling of materials, organometallic and biochemical systems
Angew. Chem. Int. Ed.
https://doi.org/10.1002/anie.202004239
此文开放访问

仔细研究了一下，此力场复杂程度远高于AMBER等普通力场，考虑的细节明显更多、考虑的要素明显更周全。支持1~86号元素，属于可极化非反应力场，比GFN0-xTB便宜得多得多但比普通力场贵得多。普通机子上搞搞一万原子体系优化还是没问题的。各方面精度全面吊打UFF，很多问题上精度不输于GFN2-xTB，优化蛋白质结构精度与常见的蛋白质专一性力场相仿佛，算过渡金属配合物、MOF的结构精度也整体不错。xtb从6.3开始支持，写-gfnff就可以用。

局限性是初始结构不能离平衡结构太远，毕竟此力场是依赖于拓扑关系的，初始结构太离谱则拓扑关系也没法自动判断正确。

作者
Author: zsu007 时间: 2020-5-5 17:07
好消息，希望能够用在我的体系里！

作者
Author: bobosiji 时间: 2020-5-6 11:25

作者
Author: linq5203 时间: 2020-5-6 11:41
请问有没有可能使用GFN-FF跑MD（不带现式水约1000原子）？如果可以是否需先NPT?

作者
Author: bobosiji 时间: 2020-5-6 12:40

linq5203 发表于 2020-5-6 11:41
请问有没有可能使用GFN-FF跑MD（不带现式水约1000原子）？如果可以是否需先NPT?

文章原文“With GFN-FF MD simulations are carried out for 1 ns at 298 K employing the GBSA(H2O) solvation model (see Figure 4C”

作者
Author: linq5203 时间: 2020-5-6 16:12

bobosiji 发表于 2020-5-6 12:40
文章原文“With GFN-FF MD simulations are carried out for 1 ns at 298 K employing the GBSA(H2O) sol ...

抱歉，是我没说清楚。我的意思是对于gbsa结果不好的情况，能否像gmx一样设盒子，加显式水、离子后使用gfnff做MD。这种情况下NPT等条件又如何考虑？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-7 08:36

linq5203 发表于 2020-5-6 16:12
抱歉，是我没说清楚。我的意思是对于gbsa结果不好的情况，能否像gmx一样设盒子，加显式水、离子后使用gfn ...

GFN-FF只是个力场，用来计算能量和受力，这和NPT是另一码事，和GFN-FF本身无关。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-7 08:39

bobosiji 发表于 2020-5-6 11:25
**** 本内容被作者隐藏 ****

原文的SI里有测试图，速度比OPLS-AA慢一个数量级，所以跟AMOEBA耗时大抵差不多
GFN-FF主要耗时来自于计算EEQ电荷的部分

文中没说清楚到底是多少核，应当自己实测。

GFN-FF目前不是冲着速度去的，主要是用来弥补空白，让原先算不了的体系能算了。至于速度，我认为以后应该会有各种方法通过近似来显著提升。

作者
Author: bobosiji 时间: 2020-5-7 19:51
本帖最后由 bobosiji 于 2020-5-8 07:47 编辑

sobereva 发表于 2020-5-7 08:39
原文的SI里有测试图，速度比OPLS-AA慢一个数量级，所以跟AMOEBA耗时大抵差不多
GFN-FF主要耗时来自于计 ...

作者
Author: bobosiji 时间: 2020-5-7 19:54

linq5203 发表于 2020-5-6 16:12
抱歉，是我没说清楚。我的意思是对于gbsa结果不好的情况，能否像gmx一样设盒子，加显式水、离子后使用gfn ...

作者
Author: tjuptz 时间: 2020-5-8 07:09

bobosiji 发表于 2020-5-7 19:54
**** 本内容被作者隐藏 ****

pbc还没解决，目前不能npt。可以外挂在ase里，不过ase里的npt方法和参数好像不如动力学程序灵活

作者
Author: exity 时间: 2020-7-8 21:19

bobosiji 发表于 2020-5-6 12:40
文章原文“With GFN-FF MD simulations are carried out for 1 ns at 298 K employing the GBSA(H2O) sol ...

GFN0都没有隐式溶剂模型...gfnff居然有，真是偏心。

作者
Author: 邱美佳 时间: 2020-8-26 12:27
老师，请问这个力场包如何获取呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-26 12:34

邱美佳发表于 2020-8-26 12:27
老师，请问这个力场包如何获取呢？

直接用xtb程序

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-8-26 12:35

邱美佳发表于 2020-8-26 12:27
老师，请问这个力场包如何获取呢？

一楼说了

xtb从6.3开始支持，写-gfnff就可以用。

作者
Author: nemolee 时间: 2021-5-9 14:30
要是能在lammps里用就好了。。。或者xtb周期性支持的好一点就好了。。。

作者
Author: sun666 时间: 2021-5-10 23:19
还是不知道XTB是怎么弄，求解答。

，在自动生成拓扑文件的帖子中没有看到xtb

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-11 05:38

sun666 发表于 2021-5-10 23:19
还是不知道XTB是怎么弄，求解答。，在自动生成拓扑文件的帖子中没有看到xtb

本来下文就跟xtb完全扯不上联系，下文说的只是gromacs，gromacs又不支持GFN-FF
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

更何况xtb计算根本用不着拓扑文件

作者
Author: sun666 时间: 2021-5-11 09:15

sobereva 发表于 2021-5-11 05:38
本来下文就跟xtb完全扯不上联系，下文说的只是gromacs，gromacs又不支持GFN-FF
几种生成有机分子GROMACS ...

谢谢社长，GEN-FF力场不能跟UFF一样可以做itp文件，用作跑动力学吗

作者
Author: hdhxx123 时间: 2021-5-11 09:32

sun666 发表于 2021-5-11 09:15
谢谢社长，GEN-FF力场不能跟UFF一样可以做itp文件，用作跑动力学吗

首先，gfn-ff可以跑动力学，其次，gfn-ff不用拓扑文件，最后，xtb用法可以去看xtb手册https://xtb-docs.readthedocs.io/ ... .html#how-to-use-it，以及gfn-ff的原文

作者
Author: sun666 时间: 2021-5-11 11:27

hdhxx123 发表于 2021-5-11 09:32
首先，gfn-ff可以跑动力学，其次，gfn-ff不用拓扑文件，最后，xtb用法可以去看xtb手册https://xtb-docs.r ...

谢谢大佬，那这个力场是可以用在gmx跑动力学是不。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-7-26 14:16

sun666 发表于 2021-5-11 11:27
谢谢大佬，那这个力场是可以用在gmx跑动力学是不。

明显是不能再GMX里面跑。函数形式和一般的力场区别还是很大的，成键的三体项和计算静电用的EEQ电荷也是GMX不支持的，原理上塞进lammps倒是好像可以，但有xTB程序了就没啥必要了。

这个力场还有个主流力场里基本没了的氢键校正项也是挺奇怪的，而且虽说是非反应力场但是可以正确描述解离行为

作者
Author: 一条君 时间: 2021-8-27 12:43

bobosiji 发表于 2020-5-6 11:25
**** 本内容被作者隐藏 ****

请问amoeba支持哪些元素呢，不知道哪篇文献是官方版，还没找到支持元素信息，233，谢谢

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-8-27 17:03

一条君发表于 2021-8-27 12:43
请问amoeba支持哪些元素呢，不知道哪篇文献是官方版，还没找到支持元素信息，233，谢谢

https://github.com/TinkerTools/poltype2

用这玩意。他能做的就支持，不能做的就不支持。

作者
Author: 一条君 时间: 2023-9-12 23:17
本帖最后由一条君于 2023-9-12 23:33 编辑

帮我这样的初学者补充一下老师另两个帖子的内容
【在2021年JCTC DOI:10.1021/acs.jctc.1c00832上将此力场推广到了周期性体系后叫做pGFN-FF】
【GFN2-xTB物理上最严格，多数情况精度最佳，但有时候SCF收敛困难；GFN1-xTB不如GFN2-xTB严格，平均精度稍逊一点，但SCF收敛容易（因此明显更适合SCF难收敛的金属团簇等情况），耗时也比GFN2-xTB低一些。GFN0-xTB精度最烂但速度也最快】

作者
Author: aaq2800 时间: 2023-9-13 08:41
xtb真香

作者
Author: 七尺贱 时间: 2023-11-9 20:30

sobereva 发表于 2020-8-26 12:34
直接用xtb程序

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-10 07:05

七尺贱发表于 2023-11-9 20:30
**** 本内容被作者隐藏 ****

毫无可比性
GFN-FF的复杂度注定它的速度连gromacs跑主流力场速度的零头都达不到，更何况xtb根本就不是专门跑经典力场的动力学程序，GPU加速也没有
而且生物分子体系、凝聚相体系等也根本不是GFN-FF的模拟初衷和擅长的
xtb和gromacs的应用范畴没多少交集

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