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标题: 关于使用Kirkwood-Buff Derived Force Field+OPC水模型的问题 [打印本页]

作者
Author: FMGwenyanhoon 时间: 2020-5-5 23:15
标题: 关于使用Kirkwood-Buff Derived Force Field+OPC水模型的问题
1. 从https://kbff.chem.k-state.edu/网站下载的Version 3的KBFF的主力场文件中，非键作用的默认规则不同于amber力场，并且ffnonbonded文件中也没有像amber力场一样定义虚原子。虽然KBFF力场的ffnonbonded文件和amber力场的所需参数种类完全相同（不同于gromos力场），但还是想请教一下能否直接把OPC.itp文件的那两行贴到KBFF的ffnonbonded文件中？
;Created by Tian Lu (sobereva@sina.com)
;To use this opc.itp, you must also add below lines into [ atomtypes ] of ffnonbonded.itp under AMBER forcefield
;OW_opc    8    15.9994  0.0000  A 0.316655  0.89036
;HW_opc    1    1.0080  0.0000  A 0.0    0.0

2. KBFF力场没有定义虚原子MW，能否直接把amber力场中的此行信息贴到KBFF的ffnonbonded文件中？还是说KBFF定义了，只不过名字不叫MW而叫HW？
; MW=Dummy mass for tip4p/EW/5p water extra point charge
MW          0    0.0000  0.0000  D 0.00000e+00  0.00000e+00

改完后如下：
[ atomtypes ]
; name at.num mass charge ptype sigma eps Ref
OW_opc  8  15.9994  0.0000  A 0.316655  0.89036
HW_opc  1 1.0080  0.0000  A 0.0    0.0
MW  0 0.0000  0.0000  D 0.00000e+00  0.00000e+00
H 1 0.000 0.000 A 0.1580 0.0880 ; 1
HW 1 0.000 0.000 A 0.0000 0.0000 ; 8
C2 6 0.000 0.000 A 0.3360 0.3300 ; 2

用这个KBFF+OPC模拟正确吗？谢谢！！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-6 09:02
应当先明确具体模拟什么体系，不同情况有不同最适合最省事的做法
如果涉及的原子类型不多，直接用[nonbond_params]手动定义每种原子类型之间的参数，就不用担心comb_rule不同带来的不兼容。

虚原子本来就不是力场中直接定义的。把我写的OPC里的MW_opc弄到KBFF里是可以的

作者
Author: FMGwenyanhoon 时间: 2020-5-6 20:46

sobereva 发表于 2020-5-6 09:02
应当先明确具体模拟什么体系，不同情况有不同最适合最省事的做法
如果涉及的原子类型不多，直接用[nonbond ...

1. 根据您的回答，我理解不同立场的非键作用默认规则的那几项中，只有comb-rule这项需要考虑并且调整[nonbond_params]来保证结果合理正确或者兼容，而fudgeLJ和fudgeQQ是不同立场的特性，不用考虑调整，对吗？

2. 那比如我想用KBFF模拟NaCl溶液，其中水模型是OPC水模型，Na和Cl就已经在KBFF里面了。那我把ffnonbonded就只单纯的按照amber力场下跑OPC的方法设置一遍，就会有如下文件：[ atomtypes ]
； name at.num mass charge ptype sigma eps Ref
OW_opc  8  15.9994  0.0000  A 0.316655  0.89036
HW_opc  1 1.0080  0.0000  A 0.0    0.0
MW  0 0.0000  0.0000  D 0.00000e+00  0.00000e+00
H 1 0.000 0.000 A 0.1580 0.0880 ; 1
HW 1 0.000 0.000 A 0.0000 0.0000 ; 8
C2 6 0.000 0.000 A 0.3360 0.3300 ; 2
      OW 8 0.000 0.000 A 0.3166 0.6506 ; 8
Li+ 3 0.000 0.000 A 0.1820 0.7000 ; 12
Na+ 11 0.000 0.000 A 0.2450 0.3200 ; 3
K+ 19 0.000 0.000 A 0.3340 0.1300 ; 12
Rb+ 37 0.000 0.000 A 0.3620 0.1500 ; 12
Cs+ 55 0.000 0.000 A 0.4130 0.0650 ; 12

......
[ nonbond_params ]
; i j func sigma eps
OW Li+ 1 0.2400 0.2700                ;    12
OW Na+ 1 0.2785 0.3420                ;    3
OW K+ 1 0.3252 0.2327                ;    12
OW Rb+ 1 0.3385 0.2655                ;    12
OW Cs+ 1 0.3616 0.1954                ;    12

此时就会按照comb-rule=3 + [ atomtypes ]下的LJ势参数 + OPC + KBFF来跑。其中OW_opc和Na+之间的V=(0.316655*0.2450)^0.5, W=(0.89036*0.3420)^0.5;
如果我写[ nonbond_params ]，也无非是这么写:
OW_opc  Na+ 1 $V $W(懒得按计算器了)。也就是说不管我是不写[ nonbond_params ]部分，还是手动算出来写在[ nonbond_params ]下面，都是一样的结果。
所以就想问问您。您说的comb-rule不兼容是啥意思，什么情况下会出现。

还有我看了一下，GROMOS力场和KB力场的ffnonbonded文件中都有[ nonbond_params ]部分，而amber力场的ffnonbonded文件中没有[ nonbond_params ]部分，这是为什么呢？
是否说明[ nonbond_params ]部分本来就可有可无呢？因为[ nonbond_params ]的计算结果其实根据comb-rule和各种原子的LJ势参数都能算，好像写不写都无所谓？还得听您解释一下，谢谢您！！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-7 08:49
对于[ nonbond_params ]已经定义了的原子间vdW参数，程序直接用这里面定义的；对于没有通过这个字段定义的原子间vdW参数，程序自动根据comb-rule定义的规则基于[atomtyes]里原子的vdW参数计算出原子间的vdW参数。

不同力场在定义vdW参数时的习俗、混合规则有异，把上面这点弄清楚了，自然就不会糊涂了。

作者
Author: FMGwenyanhoon 时间: 2020-5-8 11:03

sobereva 发表于 2020-5-7 08:49
对于[ nonbond_params ]已经定义了的原子间vdW参数，程序直接用这里面定义的；对于没有通过这个字段定义的 ...

嗯嗯好的我明白了，谢谢您！！

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