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标题: 求助Gaussian不同操作系统下调用子模块机制有何区别？ [打印本页]

作者
Author: snljty 时间: 2020-5-6 09:36
标题: 求助Gaussian不同操作系统下调用子模块机制有何区别？
指的是Windows版和Linux版。起因是曾经发现在Windows系统下，Linux下常用的计算命令

g16 < input.gjf > output.out

复制代码

用不了，
会在输出下列信息后直接退出，返回值0。

Entering Gaussian System, Link 0=g16
Initial command:
C:\G16W\l1.exe ".\Gau-7396.inp" "no-output-file" /scrdir=".\"

调用的时候只能用

g16 input.gjf output.out

复制代码

这个格式。

这导致了即使在GNU下载一个tee命令，加入PATH，也无法在Windows下用

g16.exe < input.gjf | tee.exe output.out

复制代码

这样的方法把输出从屏幕复制一份到文件，方便监控。
当然这也不是个问题，毕竟Windows下也有g16w.exe这个GUI窗口可以监控。
但是当我尝试写External程序的时候，出现了同样的问题。
这个尝试是用一个g16进程去做几何优化，但是实际计算单点能和受力由另一个g16进程计算提供。这种用法的可能性卢老师在
《DFT-D色散校正的使用》（http://sobereva.com/210）中提过。

但实际上，如果不怕麻烦倒也是有办法让G09与DFT-D3程序直接相结合来进行优化的。在G09当中有个external关键词，可以在Route section中添加诸如external='./dftdopt.sh'，这样在优化过程中Gaussian就会试图通过调用外部脚本./dftdopt.sh来得到它传回来的当前坐标下的能量、受力（甚至Hessian矩阵）。而外部脚本自身也可以调用g09。因此，如果我们自行编写这个脚本，让这个脚本读取优化过程中传递出来的当前步的坐标，并调用另一个g09计算出此坐标下的能量和受力（用force关键词），然后再让脚本调用DFT-D3程序算出色散校正的梯度并加到刚才的受力上，就得到了包含DFT-D3色散校正的当前坐标下的受力，再将受力传回给G09的优化进程。这样就等于G09在优化时就带着DFT-D3校正的效果了。但是据我所知没有这样的现成的脚本，自己写的话需要一定水平（难者不会，会者不难）

比如最初的输入文件叫test.gjf，内容如下：

%chk=test.chk
%CPU=0
# Opt=NoMicro External=".\geneGauForce.exe"

Title

0 1
C                0.00000000 1.39499067 0.00000000
C                -1.20809735 0.69749533 0.00000000
C                -1.20809735 -0.69749533 0.00000000
C                0.00000000 -1.39499067 0.00000000
C                1.20809735 -0.69749533 0.00000000
C                1.20809735 0.69749533 0.00000000
H                0.00000000 2.49460097 -0.00000000
H                -2.16038781 1.24730049 -0.00000000
H                -2.16038781 -1.24730049 -0.00000000
H                0.00000000 -2.49460097 -0.00000000
H                2.16038781 -1.24730049 -0.00000000
H                2.16038781 1.24730049 -0.00000000

按照卢老师在《将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析》（http://sobereva.com/421）中的提示，用%CPU=0设定了串行计算这个任务，同时Opt加了NoMicro参数避免自动调用内置分子力学算法优化。然后External的geneGauForce.exe是自己写的程序，可以读取External传递给这个程序的第2个参数对应的文件（相关内容看的卢老师上面那篇博文）里面的电荷、自旋多重度、原子序号和坐标等信息，然后用这些新的信息生成一个Gaussian的input文件，用Force关键词计算。
实际运行的时候成功生成了新的Gaussian的input文件，比如叫calcgrad.gjf，内容如下：

# Force B3LYP/def2SVP

Calculates force

0 1
C                0.00000000 2.63615031 0.00000000
C                2.28297314 1.31807516 0.00000000
C                2.28297314 -1.31807516 0.00000000
C                0.00000000 -2.63615031 0.00000000
C                -2.28297314 -1.31807516 0.00000000
C                -2.28297314 1.31807516 0.00000000
H                0.00000000 4.71411262 0.00000000
H                4.08254129 2.35705631 0.00000000
H                4.08254129 -2.35705631 0.00000000
H                0.00000000 -4.71411262 0.00000000
H                -4.08254129 -2.35705631 0.00000000
H                -4.08254129 2.35705631 0.00000000

但是计算的时候和之前一样，calcgrad.out输出只有

Entering Gaussian System, Link 0=g16
Input=calcgrad.gjf
Output=calcgrad.out
Initial command:
C:\G16W\l1.exe ".\Gau-9304.inp" "calcgrad.out" /scrdir=".\"

然后就直接退出了。
请问这两个错误是不是相同的原因，有没有办法可以解决(除了换Linux)。谢谢！

作者
Author: ene 时间: 2020-5-6 10:09
用wsl就完事了，效率也高

作者
Author: snljty 时间: 2020-5-6 10:26
本帖最后由 snljty 于 2020-5-6 10:28 编辑

ene 发表于 2020-5-6 10:09
用wsl就完事了，效率也高

最近要写一个接口给完全不会用Linux的人...Linux版我也是在wsl下调试的,,,懒得反复切换系统了。

作者
Author: ene 时间: 2020-5-6 13:18

snljty 发表于 2020-5-6 10:26
最近要写一个接口给完全不会用Linux的人...Linux版我也是在wsl下调试的,,,懒得反复切换系统了。

这是真难受。。

作者
Author: 冰释之川 时间: 2020-5-6 13:41
我好像看到了snljty酱在整好东西，快开源

作者
Author: snljty 时间: 2020-5-6 22:34

冰释之川发表于 2020-5-6 13:41
我好像看到了snljty酱在整好东西，快开源

谢谢冰冰姐鼓励，就是个小接口啦，主要是练习。现在正被Fortran搞的头秃，实在不擅长这个。
要是自己用的脚本我一般都是用python写，但是有一次给别人的时候对方表示不会装python...之后就尽量用编译型语言写了。不过Gaussian的External接口简单快捷方法几乎只能拿Fortran写，拿别的比如C语言写的话输出数据格式D没有标准库函数太麻烦。

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-5-6 22:39

snljty 发表于 2020-5-6 22:34
谢谢冰冰姐鼓励，就是个小接口啦，主要是练习。现在正被Fortran搞的头秃，实在不擅长这个。
要是自己用 ...

py可以打包成exe嘛

不过要是我的话：爱用不用，不会装就别用了

作者
Author: snljty 时间: 2020-5-6 22:43

hebrewsnabla 发表于 2020-5-6 22:39
py可以打包成exe嘛

不过要是我的话：爱用不用，不会装就别用了

文件太大啊233

作者
Author: biogon 时间: 2020-11-2 19:27
试了试powershell变下面这样了，干脆都不能出输出文件了，ps里面用tee命令倒是正常运行但是不在屏幕上显示
PS D:\> g16 < h.gjf > h.out
所在位置行:1 字符: 5
+ g16 < h.gjf > h.out
+ ~
“<”运算符是为将来使用而保留的。
+ CategoryInfo : ParserError: (:) [], ParentContainsErrorRecordException
+ FullyQualifiedErrorId : RedirectionNotSupported

作者
Author: lyj714 时间: 2021-4-30 14:57
请问你成功在Windows上通过External来调用bat脚本了么？因为我本来也打算把sob的那个gau_xtb接口移植到Windows上来的，但是我发现间接通过bat脚本来调用其他写好的exe就始终出错，但是如果最开始就不用bat脚本，直接用一个完整的exe一步到位做接口就能够成功。并且我也测试过gaussian安装路径下 examples里面的那些已有的使用bat脚本的例子，好像也不能成功，请问到底是啥问题呢？

作者
Author: snljty 时间: 2021-4-30 15:28

lyj714 发表于 2021-4-30 14:57
请问你成功在Windows上通过External来调用bat脚本了么？因为我本来也打算把sob的那个gau_xtb接口移植到Wind ...

没成功过呢...

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