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标题: MD时 tc-grps 的设置问题 [打印本页]

作者
Author: vandenberg 时间: 2020-5-7 09:34
标题: MD时 tc-grps 的设置问题
最近在进行MD的时候，发现从NVT开始的时候忽视了mdp文件中的 tc-grps 设置，一直都在使用
tc-grps = Protein Non-Protein的设置而不是类似标准步骤中的tc-grps = Protein_JZ4 Water_and_ions
设置，但是MD在进行过程中也没有报错。这样设置会对MD结果造成何种影响呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-7 21:13
通常不会有明显问题。
以后最好把配体和蛋白质作为同一个控温组

作者
Author: vandenberg 时间: 2020-5-7 21:37

sobereva 发表于 2020-5-7 21:13
通常不会有明显问题。
以后最好把配体和蛋白质作为同一个控温组

谢谢老师

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-9-20 11:44

sobereva 发表于 2020-5-7 21:13
通常不会有明显问题。
以后最好把配体和蛋白质作为同一个控温组

sob老师，请问一下mdp文件中要怎么设置tc-grps，我看很多mdp直接就是Protein Non-Protein，这是可以通用的么？文件说明说加入其他离子啥的，需要进行其他什么设置，这个我查了很多资料，但还是不太懂。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-21 13:04

琦锅锅发表于 2020-9-20 11:44
sob老师，请问一下mdp文件中要怎么设置tc-grps，我看很多mdp直接就是Protein Non-Protein，这是可以通用 ...

gromacs里有一些默认的组，对于含蛋白质的体系，Protein和Non-Protein组不需要在索引文件里定义就可以直接用。如果是其他类型体系显然不能这么写，都没蛋白质

tc-grps怎么设置看具体体系，水溶液中的蛋白质类的问题一般都是Protein和Non-Protein两个组分别控温

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-9-21 21:35

sobereva 发表于 2020-9-21 13:04
gromacs里有一些默认的组，对于含蛋白质的体系，Protein和Non-Protein组不需要在索引文件里定义就可以直 ...

好的，谢谢sob老师

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-10-23 11:25

sobereva 发表于 2020-9-21 13:04
gromacs里有一些默认的组，对于含蛋白质的体系，Protein和Non-Protein组不需要在索引文件里定义就可以直 ...

sob老师，请问一下，含有金属的蛋白，tc-grps一般如何设置呢？按照教程设置成tc-grps=Protein_lig water_and_ions这种形式么？需要将其中的金属加在里面吗？

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-10-23 15:22

琦锅锅发表于 2020-10-23 11:25
sob老师，请问一下，含有金属的蛋白，tc-grps一般如何设置呢？按照教程设置成tc-grps=Protein_lig water_ ...

我之前设置成这个样子，没有将金属加进去，跑了以后配体就不在原来位置，跑到其他地方去了，不知道是不是跟这个有关系，请问要怎么处理比较好

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-10-23 16:31
就把溶质和溶剂放两个group就行。这个设定是为了解决hot solvent/cold solute problem的，不用拆太细。

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-10-23 20:22

k64_cc 发表于 2020-10-23 16:31
就把溶质和溶剂放两个group就行。这个设定是为了解决hot solvent/cold solute problem的，不用拆太细。

那就是将蛋白与配体放一块，然后与water and ions组合么？我之前这样做，跑完以后，发现配体不在之前的位置了，会跟这个有关系么？

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-10-23 21:32

琦锅锅发表于 2020-10-23 20:22
那就是将蛋白与配体放一块，然后与water and ions组合么？我之前这样做，跑完以后，发现配体不在之前的位 ...

配体自己跑路原因可太多了，说不定换个initial state再跑就没这问题了。你可以考虑先在口袋里加个restraint，跑几个ns再放开，看看配体会不会再跑出去。

你的结合构象是Xray来的还是对接来的？

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-10-23 21:58

k64_cc 发表于 2020-10-23 21:32
配体自己跑路原因可太多了，说不定换个initial state再跑就没这问题了。你可以考虑先在口袋里加个restrai ...

我的是对接来的，之前在蛋白上设置了一个[ distance_restraints]来限制金属离子，不过总是会出现NOTE，然后运行时还会出现这些提示，可能也是原因

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-10-24 10:55

琦锅锅发表于 2020-10-23 21:58
我的是对接来的，之前在蛋白上设置了一个[ distance_restraints]来限制金属离子，不过总是会出现NOTE，然 ...

比较倒霉的情况之一：对接找到的构象不足以让配体和蛋白稳定结合。

之二：金属离子和配体/蛋白有带有取向性的配位键，光靠非取向性的LJ和Coulomb相互作用不能准确描述它。

前一个需要你谨慎对待对接结果，比如确定你口袋真没选错，确定你的对接结果真的足够好；后一个一般没辙，除非把金属原子直接拟合成某分子的一部分，给他搞上键长键角，当然这挺不常规的。

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-10-24 16:00

k64_cc 发表于 2020-10-24 10:55
比较倒霉的情况之一：对接找到的构象不足以让配体和蛋白稳定结合。

之二：金属离子和配体/蛋白有带有 ...

好的，非常感谢！我再研究研究

作者
Author: CruiseBend 时间: 2021-1-8 14:49
老师们好，对于在液相中材料（800个分子）吸附小分子，是不是直接一起控温就可以，谢谢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-16 08:31

CruiseBend 发表于 2021-1-8 14:49
老师们好，对于在液相中材料（800个分子）吸附小分子，是不是直接一起控温就可以，谢谢？

材料怎么是800个分子？什么材料？吸附什么样分子？

作者
Author: 呀芽芽 时间: 2023-6-14 20:55

k64_cc 发表于 2020-10-23 16:31
就把溶质和溶剂放两个group就行。这个设定是为了解决hot solvent/cold solute problem的，不用拆太细。

老师您好，我想向您请教一下。我的体系是油(癸烷)-水和表面活性剂，那我是不是应该油和表面活性剂放一块，然后water and ions组合吗？但是我这样跑它会报错。

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