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标题: 柔性扫描能量曲线与irc能量曲线不匹配 [打印本页]

作者
Author: Abner 时间: 2020-5-7 10:51
标题: 柔性扫描能量曲线与irc能量曲线不匹配
本帖最后由 Abner 于 2020-5-7 16:47 编辑

  本人在进行过渡态搜索时，依据参考文献，想让图1中标蓝的C-N键断裂（其中原子1为C，原子2为N）；由于之前过渡态结构一直未找到，因此对该C-N键进行了柔性扫描。原C-N键长1.36394埃，从初始结构扫描20步，每步增加0.1埃，得到了图2的能量曲线，并且取能量极大值处的结构作为过渡态结构初猜。对该结构进行ts过渡态搜索后，得到了优化后的过渡态结构，然后进行了irc验证，发现能量曲线一侧是平的，如图3所示，与柔性扫描的能量曲线并不匹配，请问为什么会出现这种情况？我该如何解决？
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附：柔性扫描输入文件：
%mem=10GB
%nprocshared=14
%chk=relax1.chk
#p b3lyp/6-31g(d) opt=modredundant nosymm

Title Card Required

0 1
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C                2.69341400 0.08855700 -0.00008200
C                1.50237700 -0.68834800 -0.00012200
C                0.20492300 -0.03785200 0.00010000
C                0.05226000 1.32775300 0.00037200
C                0.40722800 2.55918100 0.00025400
C                1.61615900 -2.10271600 -0.00036300
C                -0.96526000 -0.90456200 0.00000900
C                -0.81170600 -2.34620500 -0.00027600
C                0.45020500 -2.90792900 -0.00044300
C                -1.99635000 -3.16472400 -0.00033800
C                -3.25338700 -2.64511700 -0.00015300
C                -3.46635100 -1.22578000 0.00010200
C                -2.27037100 -0.38796000 0.00017000
C                -2.68046300 0.97048200 0.00043600
H                -4.11979300 -3.30099600 -0.00020400
C                4.00705300 -0.51878900 -0.00025800
C                4.05907800 -1.94684000 -0.00046100
C                2.91704900 -2.70027500 -0.00051700
H                5.03024800 -2.43580700 -0.00059800
C                -3.99842500 1.41852900 0.00054400
C                -4.78623600 -0.71201700 0.00024300
H                -5.58906500 -1.44573100 0.00020000
C                -5.14180000 0.65985100 0.00044800
C                3.83425500 2.20856400 0.00015700
C                5.14062000 1.68428200 -0.00005300
H                6.05175600 2.27655100 -0.00003100
C                5.18104300 0.28943200 -0.00024000
H                6.14534100 -0.21521200 -0.00038800
H                -6.16057700 1.02266400 0.00051100
H                2.98113600 -3.78543800 -0.00069300
H                0.55595600 -3.98980200 -0.00063700
H                -1.85921900 -4.24334700 -0.00054100
N                -2.91786700 2.31360100 0.00033300
O                -2.53358000 3.46455900 0.00033100
O                0.56760000 3.73547900 -0.00007600

15 34 s 20 0.1

irc输入文件：
%mem=10GB
%nprocshared=6
%chk=ts18irc2.chk
#p irc=(maxpoints=200,calcfc,stepsize=10,lqa) rb3lyp/6-31g(d)
geom=connectivity

Title Card Required

0 1
C                -2.79674000 1.49387100 -0.13037900
C                -2.67685900 0.11421500 -0.01754200
C                -1.49097700 -0.67418000 0.01364600
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C                0.03078000 1.30336900 -0.23430500
C                -0.31513200 2.52883400 -0.39915500
C                -1.61270600 -2.08980400 0.12630400
C                0.95331800 -0.93053000 -0.00364600
C                0.80671300 -2.36397100 0.04730800
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C                3.24669200 -2.61639900 -0.15078500
C                3.43374100 -1.19445900 -0.17593600
C                2.24126000 -0.39049300 -0.04209300
C                2.55030900 1.00343700 -0.05701300
H                4.12040300 -3.25836400 -0.22595700
C                -3.99349100 -0.47913200 0.06889600
C                -4.05494300 -1.90405700 0.18942400
C                -2.92176400 -2.66742600 0.21457100
H                -5.02966400 -2.38079900 0.25929700
C                3.87260000 1.48243400 -0.12400900
C                4.73650100 -0.63138500 -0.29859200
H                5.56163500 -1.33393800 -0.39452700
C                5.03796100 0.73863900 -0.24343400
C                -3.81252400 2.22110100 -0.16537600
C                -5.12232900 1.72286300 -0.08160600
H                -6.02853100 2.32134500 -0.10202200
C                -5.16421000 0.33153200 0.03510000
H                -6.12964100 -0.16592200 0.10540200
H                6.04444600 1.13536700 -0.26527400
H                -2.99697800 -3.74837300 0.30177200
H                -0.58346700 -3.99320700 0.17647200
H                1.88907200 -4.24322500 -0.00185400
N                2.89048300 2.22238200 0.49636300
O                2.59593200 3.16446200 1.20455900
O                -0.45174100 3.69509000 -0.57269800

1 2 1.5 25 2.0
2 3 1.5 17 1.5
3 4 1.5 7 1.5
4 5 2.0 8 1.5
5 6 2.0
6 36 2.0
7 10 1.5 19 1.5
8 9 1.5 14 1.5
9 10 2.0 11 1.5
10 32 1.0
11 12 2.0 33 1.0
12 13 1.5 16 1.0
13 14 1.5 22 1.5
14 15 1.5
15 21 1.5 34 1.5
16
17 18 1.5 28 1.5
18 19 2.0 20 1.0
19 31 1.0
20
21 24 1.5 34 1.5
22 23 1.0 24 1.5
23
24 30 1.0
25 26 1.5
26 27 1.0 28 1.5
27
28 29 1.0
29
30
31
32
33
34 35 2.0
35
36

作者
Author: 冰释之川 时间: 2020-5-7 12:45
柔性扫描和IRC曲线不一致，很正常啊……这两者不是一个东西。你要验证过渡态是否合理，以IRC为准。

作者
Author: Abner 时间: 2020-5-7 13:23
本帖最后由 Abner 于 2020-5-7 13:32 编辑

冰释之川发表于 2020-5-7 12:45
柔性扫描和IRC曲线不一致，很正常啊……这两者不是一个东西。你要验证过渡态是否合理，以IRC为准。

那是不是意味着我这个过渡态找的不准确？因为我看了文献里都是标蓝的C-N键断裂，又一直找不到过渡态，所以我才进行了柔性扫描，希望用柔性扫描得到的能量极大值结构作为过渡态初猜，但是同时搜索后irc验证能量曲线是单调的

作者
Author: 冰释之川 时间: 2020-5-7 13:26

Abner 发表于 2020-5-7 13:23
那是不是意味着我这个过渡态找的不准确？因为我看了文献里都是标蓝的C-N键断裂，又一直找不到过渡态，所 ...

看IRC两头是不是你想要的反应物/产物

作者
Author: Abner 时间: 2020-5-7 13:32

冰释之川发表于 2020-5-7 13:26
看IRC两头是不是你想要的反应物/产物

反应物对得上，产物也是我想要的，但是这个irc能量曲线是不是意味着没有过渡态

作者
Author: 冰释之川 时间: 2020-5-7 13:35

Abner 发表于 2020-5-7 13:32
反应物对得上，产物也是我想要的，但是这个irc能量曲线是不是意味着没有过渡态

有啊，只要你的过渡态只有一个虚频，且通过跑IRC验证了这个过渡态联通的你想要的反应物/产物，那么这个过渡态就是真实存在的，只不过你的过渡态结构与产物或反应物结构比较近而已

作者
Author: biogon 时间: 2020-5-7 13:47
这个往右跑的IRC不是能量降低的吗？

作者
Author: Abner 时间: 2020-5-7 14:39

冰释之川发表于 2020-5-7 13:35
有啊，只要你的过渡态只有一个虚频，且通过跑IRC验证了这个过渡态联通的你想要的反应物/产物，那么这个过 ...

irc曲线不是应该是中间高，两侧低吗？

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-5-7 14:54

Abner 发表于 2020-5-7 14:42
能量是升高的

你可以把图放大让人看看清楚，或者把各点数据提取出来

我看着并不是升高的。

作者
Author: biogon 时间: 2020-5-7 15:59

Abner 发表于 2020-5-7 14:42
能量是升高的

这小图怎么一看就是降低的

作者
Author: Abner 时间: 2020-5-7 16:45

hebrewsnabla 发表于 2020-5-7 14:54
你可以把图放大让人看看清楚，或者把各点数据提取出来

我看着并不是升高的。

好的，好的，我仔细去看一下，谢谢您

作者
Author: Abner 时间: 2020-5-7 16:50

biogon 发表于 2020-5-7 15:59
这小图怎么一看就是降低的

谢谢您的解疑答惑，我对产物和反应物进行结构优化和能量计算后再对比一下

作者
Author: 冰释之川 时间: 2020-5-7 19:15

Abner 发表于 2020-5-7 14:39
irc曲线不是应该是中间高，两侧低吗？

你的过渡态在坐标0点位置

作者
Author: Abner 时间: 2020-5-7 21:09

冰释之川发表于 2020-5-7 19:15
你的过渡态在坐标0点位置

我把过渡态的坐标看错了

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