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标题: ONIOM 计算中溶液中的 K+, Cl-, Mg2+ 如何处理？ [打印本页]

作者
Author: cwindy 时间: 2020-5-9 06:32
标题: ONIOM 计算中溶液中的 K+, Cl-, Mg2+ 如何处理？
本帖最后由 cwindy 于 2020-5-9 06:45 编辑

现在在算一个复杂的含有蛋白，RNA, DNA 的体系，然后保留了蛋白周围的溶剂中的离子如 K+, Cl-, Mg2+ 等，但是 ONIOM 计算不识别这些原子，应该如何处理呢？

Gasussian GJF 文件中离子信息为：
Mg-MG          0 70.84200000 27.35500000 61.93800000 L
Mg-MG          0 68.81000000 4.64800000 65.18100000 L
Mg-MG          0 17.11600000 52.91600000 71.80700000 L

....

K-K             0  -13.76100000 56.01600000 91.78100000 L
K-K             0 -5.44700000 70.03600000 89.68100000 L
...

Cl-IM          0 26.54800000 58.37600000 57.91900000 L
Cl-IM          0 28.76200000 92.99000000 53.84300000 L

错误信息：
Bondstretch undefined between atoms 132  28109 O2-MG [H,H] *
Bondstretch undefined between atoms 133  28108 O2-MG [H,H] *
Bondstretch undefined between atoms 869  28131 C-K [L,L]
...
Bondstretch undefined between atoms  28119  31645 K-OW [L,L]
Bondstretch undefined between atoms  28119  37558 K-OW [L,L]
Bondstretch undefined between atoms  28119  38140 K-OW [L,L]
...
Angle bend  undefined between atoms 8702 8703  28134 C-O2-K [L,L,L]
Angle bend  undefined between atoms 8702 8704  28134 C-O2-K [L,L,L]
Angle bend  undefined between atoms 8702  28134 8703 C-K-O2 [L,L,L]
Angle bend  undefined between atoms 8702  28134 8704 C-K-O2 [L,L,L]
Angle bend  undefined between atoms 8702  28134  34152 C-K-HW [L,L,L]
...

我用的关键词是:  opt oniom(b3lyp/6-31g(d):amber)  ，所以输入文件中没有连接信息，这些键以及二面角错误应该是离子距离某个残基过近导致的．但是我不想保留connection 信息，好像更容易报错．

值得注意的是 Cl 被 Gaussianview 自动识别为 IM , 倒是没有报错．
所以该如何修改这些原子类型呢？
谢谢大家

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-9 09:54
没有连接关系根本就没法用分子力场计算
在gview里调整好键连关系，直接保存，保持连接关系不变。连接关系里如果离子和其它原子没有连接，自然也不会提示缺成键参数。

另外，你当前这么计算完全没法合理体现离子的存在，必须自行指定原子电荷，并且用电子嵌入。切勿以为只要让程序不报错计算结果就有意义。

作者
Author: cwindy 时间: 2020-5-9 12:15
好像加上 connectivity 的信息就没报错了，谢谢啦，现在又出现一个新问题了，我就新开一个帖子了．

作者
Author: cwindy 时间: 2020-5-10 02:50

sobereva 发表于 2020-5-9 09:54
没有连接关系根本就没法用分子力场计算
在gview里调整好键连关系，直接保存，保持连接关系不变。连接关系 ...

另外我想问一下 Cl 用 IM 参数可以么？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-10 11:01

cwindy 发表于 2020-5-10 02:50
另外我想问一下 Cl 用 IM 参数可以么？

可

作者
Author: cwindy 时间: 2020-5-11 03:16

sobereva 发表于 2020-5-10 11:01
可

好的，谢谢解答

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