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标题: 请教Amber跑动力学问题 [打印本页]

作者
Author: alystone 时间: 2015-9-12 22:39
标题: 请教Amber跑动力学问题
请教：我在跑Amber的时候，输入文件如果是&cntrl
imin=0, ntpr=3000, ntwx=3000,
ntx=1, irest=0,
tempi=298., temp0=298., ntt=3,
gamma_ln=5., taup=1.0, ioutfm=1, nstlim=3000000,
ntwr=1000, dt=.001, ig=-1,

/

没有压强限制，则输出正常，但没有实现密度平衡。

如果加上 ntb=2, ntp=1, 限制
则会出现

vlimit exceeded for step    0; vmax = **********
SANDER BOMB in subroutine nonbond_list
  volume of ucell too big, too many subcells
  list grid memory needs to be reallocated, restart sander

的错误？请教我的参数怎么设置能够正常运行下去，并且实现压力加压

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-13 08:37
你在控压模拟时，先把温度先设得很低甚至0K跑跑看看

作者
Author: alystone 时间: 2015-9-14 16:19
谢谢sob老师，已经解决了

作者
Author: myyang 时间: 2017-4-14 15:15

alystone 发表于 2015-9-14 16:19
谢谢sob老师，已经解决了

你好，我也遇到同样的问题，请问你是怎么解决的，如Sob老师那样把温度设为O K 吗？但我的体系事先做了温度平衡

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